日军第16师团被歼灭，标志着莱特岛全部被中美联军完全占领。在萨马岛上，廖耀湘部很快突破了日军的拦截，迅速向北推进，一举占领萨马岛重镇卡巴洛甘，日军第1师团不得不向北撤退，铃木宗作认为萨马岛已经无法持续，命令第1师团趁夜撤离萨马岛，三日后，中美联军完全占领萨马岛。
尼米兹接受了杨洪的建议，决定暂缓下一步的进攻。菲律宾战役的第一阶段结束。实际上，由于麦克阿瑟的失误，美军在第一阶段，尤其是莱特岛登陆战和莱特湾海战，可谓说是以损失惨重来形容。共损失3艘重型航母，6艘护航航母，战列舰等主要水面舰船37艘，仅海军便损失余人，是美海军建军以来最大的损失。当然，陆军和海军陆战队的损失也不小，有近人伤亡。
尼米兹不得不考虑舰队的休整问题，还有新的整合。华府也正式下令改组西太平洋战区，麦克阿瑟最终没能保住他的司令官职务，乖乖回家养老。斯普鲁恩斯被任命为西太平洋战区司令。他的任命同时结束了美丽国在异时空一个独立军种的存在，美海军陆战队被正式划归海军。
斯普鲁恩斯就任发布的第一道任命居然是任命原参谋长萨瑟兰为地面作战集群司令，地面作战将分为三路，第一路由美第6集团军司令沃尔特·克鲁格负责，辖美第6集团军和中国远征军第165、166、205、206师，目标吕宋岛；第二路由中国第3集团军司令廖耀湘负责，辖中国22、50、113师，以及美军第5集团军24军，负责扫荡菲律宾其他岛屿；第三路由中国军第1集团军司令杨洪负责，辖中国军第47、112、201师，以及美第5集团军第10军，负责南下，夺取加里曼丹岛，彻底切断日军南方方面军的海上通道。
半个月后，廖耀湘所率第二路向西，横扫保和岛、塔尼翁岛·、内格罗斯岛、班乃岛等菲律宾中部岛屿；沃尔特·克鲁格率第一路从萨马岛北上，踏上吕宋岛，先后攻占索索贡、黎牙实比、伊利加、布西等要地，正沿邦多克半岛一路北上；杨洪则率领第三路南下，进攻棉兰老岛，占领前进基地后，由第3舰队协助，向加里曼丹岛进发。
日军也利用这个月时间，加强了菲律宾本岛（吕宋岛）的防御，从一些不重要的岛屿收缩兵力，山下奉文将驻吕宋岛日军287万人编成3个集团，分别驻守北部和中南部山区，企图与中美联军展开决战。
10天后，第二路军突然发起对吕宋岛西南的民都洛岛作战，三天时间内完全占领该岛屿，对菲律宾重要港口城市八打雁形成致命的威胁，美海军第3舰队顺势北上，几乎封锁了整个马尼拉湾海域。第5舰队则秘密带着从本土过来的第8集团军突然出现在吕宋岛西岸的林加延湾，并实施了大规模登陆行动。与此同时，廖耀湘指挥第二路从加莱拉、卡拉潘跨海攻占洛沃，兵分两路，一路直逼八打雁，一路进占吕宋南部重镇利巴。克鲁格的第一路夺取那牙，直逼洛佩斯几乎完全占领整个邦多克半岛。并在一周后与廖耀湘第二路会合于卢塞纳。
日军纠集第1、14、58、116师团，在圣巴渤罗一线，与南线中美联军决战。中国军头等主力22、113师经过两天两夜的决战，一举突破日军防线，分别占领卡兰巴与圣克鲁斯，彻底将日军南线集团包围在圣巴渤罗狭长区域。
北线美军第8集团军，其第1军自林加延湾登陆后，一路向北，攻克拉得立利达，另一路第14军向马尼拉方向推进。鉴于马尼拉的重要性和政治影响力，为避免南线突破速度太快，出现中国军抢先占领马尼拉的可能性，美军从第1军抽调兵，又将第三路的第24军也北调，分别在苏比克湾西北的圣安东尼奥和马尼拉湾以南的纳苏格布登陆。各部队同时向马尼拉进逼。
这时候的日军已经完全被分割，据守马尼拉主要是第10师团，第26师团残部、第68旅团，以及岩渊三次的海军部队，总兵力在5万左右，由铃木宗作亲自指挥，他经过三个多月的准备，已经将马尼拉城改造成堡垒，企图以城市巷战迟滞美军，给美军大片面杀伤。
美军北线第14军率先攻到马尼拉城外围，立即与防守外围的第68旅团发生交战，这时的美军14军已经完全机械化，其强大的坦克和装甲集群在众多炮火的支援下，对58旅团发起猛烈的进攻。一时间，马尼拉北部炮声隆隆，硝烟弥漫，爆炸形成的烟雾随风淹没了半个马尼拉城。
日军68旅团利用坚固的地堡、暗道等在白天拼死阻击，在夜晚疯狂反击，硬是死死地拖住了美第14军的步伐。使得美军在北线一个星
