龙采取了绝对信任，再加上他本人也是一个善于军政两把抓的能臣，所以也没有掣肘毛文龙的军事行动。
而且在他来到辽东半岛后，他还鼓励毛文龙主动出击，并取得了一系列值得称道的游击战例，除了此前提到的掘吴三桂父子祖坟外，还成功击杀了李永芳的部将一名，使得李永芳弃守了朝鲜边境重镇河山卫等等。
但卢象升也不是一味的对毛文龙放任自流，他开始有意改变东江兵的军机和树立他们的忠君意识，每一次给东江兵发响必说是陛下恩典而非他卢象升，也非毛文龙，对于军纪方面，则以要么杀了他卢象升要么自自己清理门户为威胁逼迫毛文龙斩杀其犯错的亲信大将孔有德。
毛文龙没有野心，因而也不敢杀掉当今陛下倚重的卢象升，且他自己也佩服卢象升并庆幸能遇到一个能知军事善民政还胸襟广阔瞧得起粗鄙莽夫的上司兼助手，也就更加不敢动卢象升分毫。
所以，孔有德这个后世曾为满清平定中原的先锋军统帅还没在历史上扬名就成了毛文龙重整东江兵军纪的祭品。
“告诉卢象升，可以利用毛文龙无反心清除其内部跋扈的将领，但不能把事情搞大，要对其首要将领多加安抚，特别是毛文龙，如今是国运艰难之际，朕不会吝啬于名器，吴襄能封王，其他人王侯将相也未为不可，只要他肯听话办事。”
朱由校说着就让李明睿按照自己的意思票拟。
在李明睿票拟之时，朱由校也不由得说道：“李明睿，朕于篱水阁借你之名，杀了董其昌，抓了应天巡抚王文奎和张溥等人，也算是让你彻底得罪了江南文人，朕估摸着现在全江南的文人都在戳着你的脊梁骨骂，你有何怨言？”
