到爪哇岛以外的地域都按照地理分界划分出等都行都司地区，并由总督节制该地区的军政大权。
首先授命的是朱由校自己的子嗣以及其他皇室宗亲中有能者，其次则是方面大员或者军中有行政才能的将领，譬如朱由榔就成了大明澳洲总督，而李定国则成了英格兰总督。
实行这种总督负责制，朝中许多官员对此也是颇多非议，毕竟谁都看得出来，这个同唐朝时期的藩镇差不多，一旦某个总督实力大涨，难保不会有灭掉中央王朝的事。
朱由校对此也有所担忧，谁也没办法预料多年以后的政治结局会不会是大明被这些总督所取代，但若不这样做，又能怎么办，以大明现在的行政效能不能倚靠中央集权管理占有地球三分之二的土地，只能以此方式进行管理。
好在朱由校一直牢牢抓住总督任命权在朝廷手里，且军队调动权与将领任免权也依旧控制在朝廷手里，只是另外成立公共安全部队由总督统领而已，也就是说，军权还是控制在朝廷手里而已。
而且，朱由校还刻意把各大总督地区分的细一点，并且这些地区的府州县的正堂官也同样也同总督一样独揽大权于一方，也就是相当于一个大诸侯国内部各级又有许多小诸侯，这样可以进一步避免在将来出现在大明以外的强力政权。
不过，如同谁也没法预料将来局势到底如何变化，如同人之生命不可能长久一样，大明王朝的命运也不可能会长久，这世界上也没有最有效的政策能让大明王朝一直存在，而朱由校能做的只有让华夏文明一直统一着这个世界，所以他现在不敢奢望能不能让世界上一直只有一个国家，但他相信能做到尽量让世界只有一种主流文明。
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