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随着清军的入关，大肆的在宣府、蓟州劫掠，远在陕南的高迎祥等流贼，却迎来了官军的毁灭式打击。
崇祯九年七月中旬，高迎祥等流贼见汉中有官军重兵把守，无法通过栈道北上，于是决定从汉中东边的石泉山北出子午谷，进入西安府。
率领官军追剿的孙传庭，对此早有预料，派驻重兵控扼西安西面的黑水峪出口。
七月十六日，高迎祥等流贼进入盩厔南的黑水峪，随后与控扼出口的孙传庭展开四天的激战。
流贼初战告捷，击败参将李遇春所部官军。
尾随追来的洪承畴见势不妙，遂施展招降流贼的方法，分化流贼。
高迎祥手下的千公鸡张二、一斗谷黄龙等人私下向官军贺人龙接洽投降。
七月十八日。
双方在马召原再次展开激战。
在激战过程中，叛变的张二与黄龙等人利用雨后大雾，趁高迎祥下马张弓射箭之时，偷偷的把高迎祥的坐骑和麾下部卒向南拉走。
等到高迎祥发现之后，已是来不及了。
于是，高迎祥只得脱下甲胄，躲进草丛，但却不幸被官军俘获。
七月二十一日，洪承畴与孙传庭向崇祯皇帝报捷。
崇祯皇帝大喜过望，急令二人将高迎祥押解至京师。
高迎祥的被俘，可以说是对流贼一个重大的打击。
有一些流贼首领因此感到前途悲观失望，便走向了乞降的道路。
如有流贼首领张妙手、蝎子块拓养坤分别向孙传庭乞求招安。
但是，仍有张献忠等流贼，依旧在与官军作着斗争。
七月二十六日，在高迎祥被俘后，张献忠等流贼急忙向着河南逃窜，躲避洪承畴及孙传庭的围剿。
