在这期间，新军留下一部，会同石柱秦良玉部辅助完成土司迁移事务。
有新军和白杆兵在，朱由检希望不服从命令的土司头领越多越好，杀了就不用再白养着他们了。
一年之内，吏部则会同贵州巡抚衙门负责朝廷流官的选派，而兵部则要会同贵州巡抚衙门在贵州各地设立屯田卫所，前期所需兵员需从川渝之地征调。
在此三事定了之后，朝廷便要尽快派送中原汉民入黔，每年至少五万人的规模。
户部则要负责屯兵移民的路费安家费，工部要提供兵器、耕牛、农具、良种等。
为了更好的协调推动改土归流之事，经天子提议，朝廷创新性的专门设立了一个改土归流领导机构。
天子亲自挂帅任总长，施凤来、韩爌则任次长，吏部尚书、工部尚书、户部尚书、兵部尚书等相关衙署则是成员。
而且这个新成立的衙署还不是一个空壳机构，从吏部、工部、户部、兵部等衙署皆调来了吏员，专门负责改土归流的一应事务。
当然这个衙署是临时的，这些吏员的身份还是在原来的衙门，只不过因为此事聚到一块合署办公而已。
当然这种新奇的衙署设置，也在朝堂上引起了丝丝涟漪，而且因为总长是天子的缘故，各部的不少吏员削尖脑袋想来此衙署。
于是，因为这个临时的机构，京城各部皆是暗流涌动，各部尚书的案头都多了一堆请奏。
