中传开，引起轩然大波。人们议论纷纷，矛头直指刚刚搬家的施惠卿。一时间，流言四起，都说施惠卿为了霸占商氏，不惜杀人灭口。邻居们义愤填膺，纷纷到县衙报案，要求严惩凶手。
当时的县令沈伯明，听闻此案后，立刻命人将施惠卿缉拿归案。沈县令怒目而视，厉声质问施惠卿为何要杀死商氏。施惠卿连连喊冤，解释自己曾好意替曾小二还债，后又为避免误会搬家远离。然而，沈县令却不肯相信他的辩解，一口咬定施惠卿是故意还债以博取商氏好感，实则心怀不轨，诱骗不成便痛下杀手。
为了迫使施惠卿认罪，沈县令下令动用大刑。施惠卿被打得皮开肉绽，痛不欲生。在无尽的折磨下，他无奈屈打成招，承认了莫须有的杀人罪行。
夜幕降临，曾小二趁家人熟睡，悄无声息地离家出走，决心奔赴五台山剃度为僧。由于头脑简单，他误解了施惠卿的好意，误以为对方趁人之危。家中已无牵挂，曾小二踏上了这条遁入空门之路。行程启动后的二十多里地后，他在一个村庄里停下歇息，不料半夜却突患重感冒，高烧不退。这场病魔纠缠了曾小二足足半个月，才慢慢康复。
康复后的曾小二正准备再度启程，却从途经的行人那儿得知城中商氏被杀的噩耗，心头一震。他深知施惠卿不是那种滥杀无辜之人，离家前他已把所有事项与商氏交接清楚，施惠卿得到财物后根本没有理由再去杀害商氏。深感施惠卿被冤枉的曾小二，毅然决定折返回城，径直走进大牢，与被囚禁的施惠卿面对面交谈，共同解开心中的疑惑。为了洗刷施惠卿的冤屈，曾小二决心找上新任的监察御史来本如，递交诉状，请求重审此案。
曾小二说到做到，他带着状纸直奔来本如的办公室，将其郑重呈上。来本如接过状纸，决定亲自审讯曾小二和施惠卿。他首先询问曾小二家中近期是否有亲戚来访，曾小二摇头答道，自家贫困，平日罕有亲戚走动。接着又问施惠卿，施惠卿坦诚自己独居已久，最近巷口宝应寺的和尚们搭建帐篷募款，他曾邀请和尚到家中用餐，并打算捐赠三十两银子，但银两最终给了曾小二家，自那之后，和尚就没有再来过。而这个细节，也许正是揭开案件真相的一丝线索。
来本如听闻宝应寺和尚之事，忙向里正询问和尚是否还在城中，里正回复和尚们已经回到了寺庙。于是，来御史下令暂时羁押施惠卿，决定亲自前往宝应寺调查。来到宝应寺，只见大殿正在进行修缮，而十位和尚中有九位正在庙内，据说是为了响应来本如的通知，提前等候。来本如命令住持一一核实人数，结果发现确实少了一位和尚。他怒不可遏，今日特地设宴招待和尚们，竟有人胆敢缺席，实在嚣张至极。来本如立即指示差役对寺庙进行彻底搜查，最终在一处废旧的香积厨下，发现了一个缩成一团的和尚。
和尚被拽出藏身处洗净面目后，来本如又让施惠卿的邻居们辨认，大家都一致指认这位和尚就是在巷口募捐的那个人。来本如果断将这名和尚带回衙门审讯，经过一番盘问，和尚最终承认是他杀害了商氏。这个和尚名叫去非，得知施惠卿将所有的钱都给了曾小二，心中顿生贪婪和不甘。他并不知道曾小二当晚已用这笔钱偿还了债务，因此在曾小二家门外伺机等待，企图偷回那些钱。
那一夜，施惠卿离开曾小二家后，商氏独自留在屋内。去非和尚瞅准时机，在确认施惠卿和曾小二都不在家后，大胆闯入曾小二家，企图侵犯商氏。商氏面对非礼坚决反抗，去非和尚害怕被人发现，冲动之下竟狠心将商氏掐死。
来本如详细记录了去非和尚的供词，随之下令对其进行三十大板的杖责，并将其关押在死牢之中。他还严厉责备了宝应寺住持，认为其包庇恶徒理应受到连坐，但此次仅处以三百两银子的罚款，用以赔偿给施惠卿。随后，来本如传唤了沈县令，指责其滥用刑罚、逼迫无辜，同样罚其五百两银子补偿给施惠卿。然而，施惠卿不愿接受这笔赔偿，他决定将一半捐给宝应寺，另一半捐给曾小二，表明自己也要追随佛门，立志出家为僧。曾小二听闻后，也表示自己同样向往五台山，不打算接受这笔钱，也愿意捐给寺庙。
面对这一情形，来本如思索再三，决定将这笔钱用于整顿寺庙。他下令将宝应寺内年轻尚未成气候的和尚遣散回家，每人发放足够的路费，并严令他们在短期内不得再回寺庙。清理掉这批心性不良的和尚后，来本如做出了一个大胆的决定：将宝应寺交由施惠卿和曾小二共同管理，鉴于寺庙中的和尚已流失大半，急需招募新的僧侣填充。于是，来本如张贴了公告，公开招募品德高尚、虔诚
