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但源赖朝不是一个安分的主，他抓住了皇帝和平氏的矛盾，忍辱负重多年，后王者归来，灭了平氏。并由此建立了镰仓幕府。
这一次的忍界大战奈良家参加了，并立下了赫赫战功。谋略之神奈良飞鸟就是在这场战争中双腿被废的。
伴随着奈良家的崛起，原先跟随平氏的忍者家族受到了巨大打击，比如赤沙一族就被流放到了蛮荒之地。
而源赖朝这样的野心家明明有推翻皇室的能力，却还是要与皇室共天下，所以造成了如今的复杂局势，也是乱象之源。
现在醒湖皇子正在招兵买马对付幕府，将再一次开启忍界大战。
摄关家韬光养晦多年，谁也不知道这么多年，他们到底积蓄了多大的力量。
