领宫禁宿卫，边庭军翼，征讨戍守，简阅差遣。平常操练隶属军队，战时奉命出征，截取情报。
其下设陆军部，水师部。
陆军部，依照东南西北中各省地理位置分布，分为五大战区，最高统帅为都督，统领各战区军务。
水师部：由北到南海域分为北海，东海，南海三支水师，最高统帅亦为都督。
另外，调兵权归属总参，提出军事建议，制定军事计划，提出战略目标，发布军令，协助朕指挥战役。
兵部享受行政权，负责管理军队户籍，军队征召和退籍，军官升迁，兵器管理，退籍军人管理，粮草军饷调运，交割，诸卿以为如何？”
此言出，百官静默。
今后各军表面归兵部统辖，实际征兵，编制，升迁，后勤归兵部，练兵统兵归枢密院，调兵作战归总参。
与以前兵部，五军都督府相比，大幅强化军事后勤，却收回兵部调兵权。统兵，作战转交给枢密院，总参。
少顷，朱童蒙神色忧虑的询问：“陛下，臣支持强化军事后勤能力，然而，臣认为陛下的安排不妥，臣建议，不设总参或总参为陛下智囊，兵部保留调兵权，枢密院赋予统兵权，单独设后勤总部负责后勤。”
杨肇基出声附和说：“陛下，臣认为朱尚书的建议更合适，该强化后勤，而非削弱兵部，蒙古之战，陛下提前调运粮草，事实证明，军饷粮草充沛三镇兵勇无后顾之忧，亦能爆发出惊人战力。”
闻言，朱由校微微吃惊，没想到朱童蒙，杨肇基格外关注军事后勤，他目光迅速转向其他人寻求答案。
