朝廷积极备战，广东，福建战端已开。
年初，朝廷派俞咨皋，陈子龙，陈继盛招降南中国海海盗。许素心归降，杨禄，杨策，钟奇作壁上观，李魁奇，刘香拒绝朝廷招降，嗅到不安的味道。
俞咨皋，陈子龙来势汹汹，代表朝廷态度强硬，又从辽东调来善战的陈继盛担任南海水师副总兵，计划取代怯战畏战，和海盗眉来眼去的俞咨皋。
纵横四海的海盗，即刻开始整兵，欲先发制人出击，提前抢占优势。
郑芝龙，高起潜，陈子龙前脚离开福建，李魁奇后脚派三十艘小船，以突然袭击的方式对广东南澳县发起进攻。
以此试探朝廷态度，及广东，福建兵勇战力。
只要偷袭得逞，广东卫兵龟缩不出，李魁奇则计划大规模出击，袭击广东沿海城池，乡镇。
可惜，李魁奇小觑陈继盛，陈继盛担任南海水师副总兵，虽然受制于俞咨皋，对待海盗的态度却比俞咨皋更强硬。
他上任即颁布悬赏，凡斩杀海盗重赏，凡举报海盗藏身地重赏。
故而，李魁奇部袭击南澳县时，即刻遭遇巡游的南海水师凶猛还击，激战中，十余名明军战死，李魁奇部付出十倍代价，被南海水师击沉二十余艘小船，剩余兵勇落荒而逃。
李魁奇收到战败的消息，临时改变策略，派所部驾驶海船北上劫掠福建。
海盗北上劫掠途中，与南海水师驻澎湖的游击将军王尚忠，率领的三十多艘战船在金门海域狭路相逢。
王尚忠临危不惧，从容指挥，明军重创海盗，缴获三艘海盗大船，击沉十余艘海盗小船，数百海盗或死或伤或被俘虏。
连续两次劫掠失败，海盗损兵折将，李魁奇实力受损，思前想后决定亲自领兵对厦门港发起突袭，欲报仇雪恨，树起在台湾海峡的威望。
然而，这次他的对手不是怯战畏战的俞咨皋，而是在辽东久经考验的陈继盛。
陈继盛召集南海水师诸将，分析讨论海盗意图，最终，俞咨皋坐镇广东，陈继盛亲率万名精锐水师坐镇厦门。
所部高应岳，张永产，刘应宠，邓枢各率领五千精锐水师，在南海水师辖区巡游，密切监视李魁奇部海盗。
两军狭路相逢，迅速将海盗逼向厦门港。
李魁奇事先不知陈继盛率领重兵坐镇厦门，率军发起偷袭时，遭遇陈继盛领兵展开凶猛还击。
海岸陈列的火炮齐射，成排成排火铳射击，当场击沉李魁奇部三十多艘大型战船，二十多艘小型战船。
李魁奇尚未回过神，陈继盛率领水军杀出，夜间，海面化为火海，陈继盛更冲上李魁奇战船，斩杀李魁奇部两名头领。
李魁奇丢盔弃甲，率领少量残部落荒而逃。
明军在厦门大获全胜，重创李魁奇部，然而，李魁奇的后援部队在泉州得逞，成功劫掠沿海村庄，击沉朝廷十几艘船只，封锁泉州港，迫使泉州附近的村庄向他们进贡粮食，猪牛，更肆意劫掠百姓。
为此，福建巡抚熊文灿大怒，要求泉州卫兵出击，迅速击溃李魁奇的海盗，解救百姓，恢复泉州港的秩序。
可惜卫兵战力羸弱，远不及彪悍的海盗，非但没能击溃海盗，反而损兵折将。
直到陈继盛率领南海水师杀来，派遣南路副总高应岳为先锋，率领水师纠缠李魁奇部，他亲自领兵从外面包围李魁奇部，欲将李魁奇部绞杀在泉州港附近。
此时，各路海盗暧昧，有人试图劝和，有人开始和熊文灿，王尊德接触，计划率兵投降。
李魁奇被困在泉州港，数次率兵突围，均遭陈继盛率军击溃，不久，郑芝龙率领东海水师抵达，精兵两万，战舰四五百、火炮上千门，全军装备掣电铳，鲁密铳。
这支精兵乃郑芝龙班底，经过朝廷配备和补充各类火器，铠甲，经过一年多训练，战力更胜从前。孟乔芳率领四卫军抵达福建，迅速接管福建边防。
顷刻，李魁奇处境越发艰难，陈继盛率领万名精兵追杀，已经够让他难堪，结果老对手郑芝龙率领两万精兵杀来。
陈继盛，郑芝龙密议后，是夜，陈继盛派遣部将邓枢率领两千精兵夜袭李魁奇部，破李魁奇部十三艘战船，斩获十九艘。
李魁奇连战连败，不敢贸易作战，被迫派人同陈继盛，郑芝龙和谈，直接惨遭陈继盛，郑芝龙拒绝。
不得已，李魁奇派使者驾船出海，寻求刘香及西方诸国帮助，希望他们联合同明廷作战。
结果
