四十八县，声势遍及今浙江、苏南、皖南和赣东北。
后起义被镇压，明教亦遭禁止，北宋统治者将其诬为“吃菜事魔”的邪法魔教。但民间信仰明教的习俗无法禁绝，南宋时期仍有农民利用摩尼教组织民众起义，摩尼教遭到更严厉的禁止，不得不转入秘密传教。
元初，统治者允许摩尼教传教，东南一带摩尼教得以恢复和发展。元中叶农民又利用摩尼教从事反抗斗争，摩尼教于是再次被禁止，在民间转入秘密活动。
明太祖恶明教上通国号，遂欲毁其宫宇，摈逐教徒。因一些大臣乞请保留，才置而不问。
但明初朝廷仍视明教为左道乱正之术，律令规定，凡以此煽惑民众，为首者处以绞刑，从者杖责一百，流放三千里。
因此摩尼教至明代已趋衰败，但民间仍有传习者。清初沿袭明律禁止摩尼教。
摩尼教从唐以来，经历代与佛、道等融合、变化，已逐渐从朝野记载中消失。
