数日后，长孙无忌指使大臣韩瑗上疏劝谏李治：
“自古娶妻以贤，更何况天子呢？皇后是母仪天下，善恶由她而生。因此，嫫母辅佐黄帝成就王业，妲己却倾覆了殷纣王的江山。
《诗经》云：‘赫赫宗周，褒姒灭之。" 臣每次研读史书，常常引起慨叹，没有想到今日陛下去立武昭仪为皇后，这让后世人将如何看呢？希望陛下仔细地考虑，不要被后来的人所讥笑！假使臣的话对国家有益，臣就是粉身碎骨，也在所不辞！当年吴王不采用伍子胥的意见，结果吴国灭亡了，姑苏成了废墟。臣担心天下臣民失望，国家残破为期不远了。”
长孙无忌又指使大臣来济也上表劝谏说：
“自古君王立皇后，应选择名门礼教之家的淑女，才符合天下臣民的期望。所以周文王迎娶太姒，才有《关雎》的教化，百姓蒙受福祚；汉孝成帝放纵情欲，把婢女立为皇后，使国家社稷倾覆。希望陛下明察！”
李治对这两位大臣的劝谏犹豫不决。
许敬宗在朝廷上大声扬言：
“庄稼汉多收了十斛麦子，还想要换个媳妇，更何况天子想换立皇后，跟其他人有什么相干，何必提出异议呢？”
武媚娘让人把许敬宗的话讲给李治听，李治听罢还是犹豫不决。
一天，李积入宫觐见，李治问道：
“朕想立武媚娘为皇后，褚遂良固执己见，认为不可。褚遂良既是顾命大臣，事情该怎么办呢？”
李积回答道：“立皇后陛下的家事，何必再问外人呢？”
于是，李治拿定了主意，下诏令：
一是，将褚遂良贬为潭州都督（潭州，今湖南长沙），没多久，又被贬为爱州刺史，四年后，褚遂良被赐死在爱州（今越南清化）。
二是下诏书：
“王皇后、萧淑妃谋划毒死朕，把她们废为庶人，她们的母亲和兄弟，一并流放到岭南；免掉故特进、赠司空官衔的皇后父亲王仁佑官职。”
群臣们看到顾命大臣褚遂良都被贬官，于是都见风使舵地纷纷进奏表请求册立皇后，李治于是就顺水推舟地下《立武昭仪为皇后诏》：
“武氏门着勋庸，地华缨黻，往以才行，选入后庭，誉重椒闱，德光兰掖。
朕昔在储贰，特荷先慈，常得侍从，弗离朝夕。宫壶之内，恒自饬躬；嫔嫱之间，未尝迕目。圣情鉴悉，每垂赏叹，遂以武氏赐朕，事同政君，可立为皇后。”
这一日，李治诏命司空李积携带皇后玉玺册封武媚娘为皇后。群臣们都在肃义门朝拜了新皇后。同时，大赦天下。
真是有人欢喜有人愁，前皇后王玉燕与萧淑妃一同被废，一起被囚禁在皇宫的别院里，
有一日，李治有些想念她们，私下到囚禁她们的地方，看到别院的房间封闭得很严密，只在墙壁上挖个洞传送食物，皇帝心里有些哀怜，就呼喊道：
“皇后、淑妃在吗？”
王玉燕哭泣着回答说：
“我们因获罪而被贬为官婢，怎么能够再有皇后、淑妃的尊称？陛下如果还念以往的情分，想让我们重见天日的话，就请求陛下把这别院命名为回心院吧！”
