以及经历三层审核在空印文书署名者皆被卷入，方孝孺的父亲方克勤身为正四品济宁知府，因此案被捉拿处死。郑士利的兄长郑士元身为正五品，是湖广省按察使的辅佐官，被杖责一百后流放。
空印案的涉案被杀人数以及案发时间都存在争议。有人说在空印案中有数以百计的官员被处死，也有说空印案和郭桓案或连坐罪被杀的人多达七、八万人。学者认为空印案牵连的人数应该超过千人。案发时间综合多方记载，洪武九年更为可信。
空印案发后，朱元璋填补了相关漏洞。他将有关条陈写进大明律法，制定了各种违反公文制度的条款十五条，规定将军、总兵官、五军都督府、六部、都察院盗用印信及空纸用印者皆处以绞杀；
布政司、按察司、府州县衙门者杖一百，流三千里；其余衙门者杖责一百，关押三年。此外，朱元璋为避免空纸用印再犯，还实行了半印勘合制度，规定凡文书纸上均须加盖半印（即官防官印）以便核对，加强了明政府对地方行文的控制，完善了明代的文书用印制度。
此案过后，朱元璋于洪武九年改行中书省为承宣布政使司，并设置提刑按察使司和都指挥使司，分散了一省的司法权和军权，三司都需听命于中央，保证了中央政府对地方的控制权，对加强中央集权起到了一定积极作用。
朱元璋严厉的惩处方式也产生了消极后果。不少士人害怕惹祸上身而不愿做官，有的甚至诈死以求辞官。官员在任职时只求无祸，遇事推诿，导致官场弊病丛生。
胡惟庸早年投身朱元璋麾下，起初只是个不起眼的小吏。但他善于察言观色，巧言令色，逐渐获得朱元璋的赏识，在仕途上步步攀升，最终登上左丞相之位，成为朝堂上权势显赫之人。
胡惟庸大权在握后，愈发肆意妄为。在政务处理方面，他擅自决定江南地区的税收政策，未获朱元璋批准便私自增加税额，导致百姓负担沉重，苦不堪言。据当时户部的统计，江南地区因胡惟庸私自加税，百姓每年多缴纳的赋税多达数百万石粮食。
在官员任免上，胡惟庸只看关系和贿赂。杨士奇，本是才华横溢、清正廉洁之士，却因拒绝向胡惟庸行贿，被其打压，贬至边远地区任职。而毫无才能的赵德，因向胡惟庸行贿十万两白银，竟被任命为重要地区的知府。据不完全统计，被胡惟庸打压的正直官员多达两百余人。
在案件处理上，胡惟庸肆意偏袒自己的党羽。富商钱广进杀人一案，证据确凿，胡惟庸收受贿赂后，颠倒黑白，让钱广进逃脱罪责。他还私自扣下众多对自己不利的奏章，使得朱元璋无法了解真实的民情和政务。据宫廷内档记载，被胡惟庸私自扣下的奏章多达上千份。
胡惟庸的种种恶行严重破坏了朝廷正常的政治秩序和官员选拔机制，官场风气极度败坏。
他还专权跋扈使得皇权与相权的矛盾激化到顶点，促使朱元璋下定决心废除丞相制度，加强皇权。
1380 年，朱元璋以“谋不轨”罪诛杀宰相胡惟庸，御史大夫陈宁、中丞涂节等人，前后株连致死者三万余人，其影响持续到洪武二十三年（1390 年），这一年朱元璋又以胡惟庸同党谋不轨罪处死韩国公李善长、列侯陆仲亨等开国功臣。
胡惟庸家族被满门抄斩，府邸被查抄，抄出的金银财宝不计其数，田产房屋遍布各地。胡惟庸的子女无一幸免，男子全部被诛杀，女子被流放或贬为官奴。
对于胡惟庸案被杀 15 万人这个说法，史学界存在不同的观点和争议。有观点认为胡惟庸案牵连广泛，朱元璋借此大力打击功臣集团和可能威胁皇权的势力，导致众多人员被牵连诛杀。
郭桓是明朝洪武年间的户部侍郎。户部侍郎是户部的副长官，协助户部尚书管理国家的财政事务。
郭桓案发生于明朝洪武十八年（1385 年）。朱元璋怀疑北平承宣布政使司李彧与提刑按察使司赵全德偕同户部侍郎郭桓等人共同舞弊，吞盗官粮，于是下令调查。同年三月，御史余敏、丁廷举告发郭桓等人私吞两府赋税并私分浙西秋粮等罪行。
为了追赃，还牵连到全国各地的一些富民，导致不少人倾家荡产。朱元璋为平息民愤，又以逼供信的罪名论处了右审刑吴庸。
经审刑司吴庸拷讯后，朱元璋发现此案牵涉甚广。郭桓等人私吞太平府、镇江府等府的赋税，郭桓只缴两百多万石；
郭桓等人几年之内连贪污带盗卖再加上掺水毁掉的官粮，给大明朝造成了2400万石粮食的损失，这相当于当时整个国家一
