港内原有的主力舰队，加上孙应龙“送”来的天津战船只能带走这些人。殿后的耿仲明和毛承禄自知无法逃脱，他们带领新旧鲁军同明军展开巷战，为儿女、兄弟、战友逃离战场争取时间，明军依靠庞大的数量逐渐占据上风，慢慢将鲁军压缩到水城。
面对一千多残兵败将把守的水城，明军将领居然不敢强攻。惨烈的巷战吓破了他们的胆子，数千山东兵一个投降的都没有。有的身中多刀倒地不起还在挥刀砍明军足踝，这种战斗精神较之当年的戚家军不遑多让。
明军游击刘良佐暗中率人潜入靠近水城城墙的永福寺（现在蓬莱阁景区的一个景点）。他花费数天时间从中挖地道至城下，填入炸药轰塌城墙，数万明军一涌而入。
留守鲁军且战且退，战斗一直打到登州城海边的丹崖山。战败的命运已经注定，先前战斗的伤员不愿作明军的俘虏全部跳崖自杀。
毛承禄浴血奋战，耿仲明身被数创，手下战士全部壮烈牺牲。二人毋自不屈并肩迎敌，前面是密密麻麻绵延数里的敌人，后面是深达百丈的悬崖，正是走投无路的景况。
朱大典命令手下将其围困亲自劝其投降。
耿仲明仰天长叹一声掷下钢刀，道：“与其投降受那凌迟之苦不如引刀一快。我们本是保家卫国的明军悍将，斩下的满洲狗头不计其数，朝廷却把我们逼得走投无路不得不反。这样的朝廷已经失去人心，失去大义。姓朱的，回去告诉猪皇帝，就说他和他的王朝已经是冢中枯骨，我们大哥会亲手将他覆灭。”言罢大步走向悬崖。
毛承禄一把将钢刀掷进官兵人群，跟着耿仲明的步伐走向断崖。道：“耿大哥，等等我。”
耿仲明回头笑道：“毛承禄兄弟，我一直瞧不起你，认为你是个头脑简单四肢发达的莽夫，没有想到今天我们一起上路。”
毛承禄道：“我虽然没有脑子，但是我有义气。我知道谁对我好，我应该为谁效忠。”
二人在长笑声中跃下悬崖，吴桥兵变在陆地上的战斗就此结束。
朱大典心头寒气直冒：“将整支军队都逼反的朝廷还能够存在多久？”他转念想到：“管他能存在多久，只要有钱有权有兵有实力谁当皇帝都得封我当大官。为了当更大的官，我要有更多的兵，养兵得花钱，我需要更多的钱，很多很多很多的钱，我要竭尽全力敛财，不计后果不择手段。”
平定山东叛乱后朱大典升兵部右侍郎，为山东巡抚。朱本是贪官，经此一劫更是变本加厉大贪特贪。
史书上说朱大典“饶有才，而性奇贪，多行暴虐。”他督师凤阳的时候，“括取财贿，四府僚属，囊橐皆尽，人拟其富且敌国。”随行官员都被朱大典勒索的一干二净，治下百姓的遭遇可想而知，然而当民族危难之时他却能挺身而出。
清军进占浙东府县后，朱大典据守金华誓死不降。清军统帅博洛亲自统率满、汉军从绍兴前往金华，把该城四面包围。朱大典吃着火腿，指挥明军凭城顽抗，博洛久攻不克，从杭州调来红衣大炮，浙闽总督也奉命带兵参加攻城。清军以绝对优势的兵力猛攻二十天金华才被攻破。史书有云：
大清兵渡钱塘，贝勒遣马士英招降国安，令其立功自赎。国安从贝勒协攻金华，大典坚守三月。国安辇九牛铳，昼夜攻城，大典知不可为。先数月，遣其子孙潜遁。城破，开宅使婢仆各出逃，止推堕爱妾一人及幼女井中（亲手杀妻灭子，狠人呀！），而自走火药局。
吴邦者，山阴人，大司马兑之曾孙，在大典幕中。甲申，以万金托影钣干，中途闻北京陷，即橐金而归，自旅费外，分毫无私，大典骇服，谓邦硬惶赜行卸且有才，题授副总兵，同守金华。
邦善骑射，城守倚之。及将陷，归视其妻傅氏，傅氏曰：“城守事急，尚顾我耶？我惟一死以报君家，君可亟去。”乃以所积金付其子，匿之民家，候城破，潜遁。并令诸婢仆急走逃死，皆厚赉之，自服绯衣缢死厅事。邦已知妻死，不归，急走火药局，见总兵何武曰：“阁部火药库，今日不能击敌，而留与敌用，葚为非计，不如烧之。”武曰：“固也！”少顷城陷，大典至，呼曰：“二将军何不急走？”邦曰：“世受国恩，惟一死得随明公，幸矣！”问武，武曰：“武意已定，愿与将军同日死耳。”大典笑曰：“三人同心，何复不足。但顷见二将军所商何事？”邦釉唬骸盎鹨┤缧恚不甘资敌，竟欲烧之方死耳。”大典出火绳袖中，曰：“所见略同。”乃尽出火药三百桶，堆一所。大典尚有从人十余，麾之曰：“去！”从人皆愿同死，不应。大典大声曰
