老天爷昊天上帝命仙首十二称臣，重重矛盾下有些注定要发生的事情还是发生了。
妖巫大战之后人族迅速崛起，但还远未站稳脚跟。尚且需要天庭来协助帮忙，维系凡间正常运转。鸿钧老祖身边的童子昊天入主天庭，但各路神仙自由散漫惯了，不愿到天庭任职。以身合道的鸿钧老祖这才交代下来，让三圣共同签下封神榜来招募仙班。
天庭缺人，昊天上帝要求道教，人、阐、截三宗送出十二名优秀的仙人上天庭当差，管理十二个部门。所谓的十二仙首指的是封神榜上所列的八部，上四部雷、火、瘟、斗，下四部群星列宿，以及三山、五岳、步雨行云、善恶之神总共十二个职能部门。除了部门主管以外，下面还要管辖着一应神位，总共三百六十五名正神。此时刚好碰上元始天尊门下十二名弟子要度杀劫，适逢商、周将要易代，众神仙经过此次改朝换代的杀运必定会有所折损。玄门三圣人一商量干脆就决定将这两件事合二为一。让弟子们在化解杀劫的过程中顺其自然，淘汰掉根基不稳本事不佳的仙徒。陨落者正好上天庭当差。三教在通天教主的道场，截教祖庭碧游宫共议封神榜。
原本签署这一纸盟约之时，定好由元始天尊主持封神，灭商扶周。但杀劫真的来临后，元始天尊座下的十二亲传不管是在哪方面能力都没有太突出的表现。可要把自己的弟子都淘汰掉元始天尊又不乐意，于是他拉上自己的师兄太上老君，坑了师弟通天教主的弟子们上天庭干活，替自己门下十二弟子挡灾。
元始天尊座下不在十二弟子之中有个叫申公豹的徒弟，他与姜子牙一同拜师入阐教门下。后因他感觉元始天尊偏袒姜子牙，嫉妒姜子牙手掌封神大权在西岐高居相位。申公豹起了逆反之心。开始全力维护起商纣的统治，专门与姜子牙针锋相对。并挑拨大批仙家高手对付姜子牙，给西岐制造了巨大的困难。申公豹是姜子牙的对头元始天尊心知肚明，也早已经料定申公豹会横生枝节。元始天尊为了将众多截教修士送上封神榜，正好利用申公豹的所作所为凑封神之数。申公豹多次鼓动怂恿大量截教门人攻打武王与姜子牙，找姜子牙麻烦，甚至欲置其于死地。助纣为虐，处处针尖麦芒与姜子牙作对。申公豹交友广泛，口才极佳。尤其善于说反同门或怂恿截教仙者下山助商。无形中将众多修士送上封神榜。也使得很多生命丧于两军阵中。而元始天尊却一再放纵不管，当惧留孙擒获申公豹，打算将其压在麒麟崖时。元始天尊哪能答应，他还想让申公豹收聚封神榜上三百六十五位正神呢。便假意为难申公豹，让他发了一个毒誓便草草了事将他放了。任凭其四处蛊惑、挑唆。
再说通天教主，在封神之初只想着顺应天道，并不想帮商纣。他本就是封神榜的制订者之一，但因上榜者必死，得知门下仙徒在封神榜榜上有名者甚众之时，他冲动了。通天教主终于忍无可忍不再旁观，与太上老君、元始天尊反目成仇，让世人看到了通天教主重情重义的一面。在申公豹被阐教逐出师门贬出玉虚宫后之后，商、周之间的战争已经演变成阐、截二教间的斗法。通天教主亲自参与了这场争斗，于界牌关布下诛仙阵对上两位师兄带领的一众仙神。但通天教主在众位教主级仙长的联手夹击下溃败，随后又以门下弟子布下万仙阵再战。最后的结局是截教战败了，纣王被灭了。通天教主的弟子大部分被杀，然后由姜子牙封到天上当了星官。申公豹最终的下场是被元始天尊惩罚，将他的肉身填堵北海之眼。武王伐纣成功之后，申公豹的元神在封神台上被姜子牙封为东海分水将军。姜子牙在封神台上将三教阵亡之人一一封神，总共三百六十五位。另有一部分截教修士被抓为坐骑，各路菩萨以坐骑逃下界为名收了许多截教门徒。被阐教弟子所收的坐骑也有，比如太白金星的老青牛等。都成为了别人驱使的对象。
通天教主道统大伤，元始天尊与太上老君希望趁此时机置他于死地。通天教主心生不忿之念，欲重炼地水火风，再开世界新立天地。他将自己的想法禀报了恩师，但是没有得到鸿钧老祖的允许。圣人之威，毁天灭地，鸿钧老祖赶快从天而降亲临凡尘，阻止了通天教主的疯狂想法。又解释怨衍劝说三兄弟罢手言和，化解三教矛盾。并命三人不得再互相争斗。表面上是将通天教主重重责备一番，言一切罪过源自通天，然而实际却是对这位小徒弟颇为偏袒。
鸿钧老祖担心通天教主的安全，从怀中拿出一个葫芦倒出三颗红色仙丹。赐罚太上老君、元始天尊、通天教主三人红丸，让每人服下一粒。告诉三人此丹并非长生之物，而是一粒陨圣丹。若在吞下丹药后，还对封
