李克用再遣史俨、李承嗣统领三千骑兵，南下援救郓兖，随即又向魏博节度使罗弘信借道，命李存信率军三万屯驻莘县，以为后援，河东军在任城大破汴军，解除兖州之围。但李存信在莘县纵兵劫掠，激怒了罗弘信，被罗弘信设伏击败，罗弘信自此与李克用绝交，转而依附于朱温。李承嗣、史俨被断绝归路，无法北归，李克用亦无法继续派遣援军。当时，天平、泰宁两镇因连年兵灾，人口流失严重，百姓无法安心耕织，春秋两季的粮食又屡遭汴军劫掠，府库日趋空竭。朱瑄、朱瑾再也无力对抗朱温。
后来，朱温又命庞师古、葛从周合兵攻郓州，庞师古攻破郓州，朱瑄在出逃途中被葛从周抓获，押赴汴州处死。当时，朱瑾正与李承嗣、史俨等在徐州一带筹措粮食，只留部将康怀英守兖州，葛从周遂趁虚进袭兖州。康怀英乃与朱瑾的儿子及辛绾、阎宝等将领合谋，献城投降汴军，淄青节度使王师范随后亦被迫归附朱温。至此，宣武镇东部的藩镇势力全部被朱温所吞并。
朱瑾在兖州失陷后，与李承嗣、史俨等率残部北奔沂州，却为刺史尹处宾所拒，又转奔海州，但汴军在后穷追不舍。朱瑾只得率部渡过淮河，投靠淮南节度使杨行密，杨行密亲自到高邮迎接，以朱瑾为淮南行军副使，并表举其为武宁节度使。淮南军素习水战而不擅骑射，自得河东、郓、兖等部骑兵，军声大振。
朱温既平郓兖，又欲尽吞江淮，于是兵分两路，入侵淮南。东路庞师古率徐、宿、宋、滑四州之军直趋清口，攻扬州，西路葛从周则率兖、郓、曹、濮四州之军进驻安丰，攻寿州，朱温自屯宿州，策应两路大军。淮南震恐，杨行密乃与朱瑾率三万大军北上楚州，向清口推进。
庞师古很快便进抵清口，他不听部将劝阻，将营寨驻扎在低洼之处，同时又恃众轻敌，平时以弈棋为乐，不作军事部署。杨行密于是让朱瑾堵塞淮河上流，准备以淮水冲灌汴军营寨。朱瑾随后又与裨将侯缵率五千骑兵偷渡淮河，打着汴军旗帜，自北向南直攻庞师古的中军大营。汴军仓皇拒战，又遭大水灌营，顿时陷入混乱。杨行密此时又亲率大军渡淮来攻，与朱瑾两面夹击，大破汴军，斩杀以庞师古为首的汴军将士万余人。
葛从周此时亦被寿州团练使朱延寿击败，退驻濠州，及闻东路军溃，乃撤军而去。当时，杨行密与朱瑾已乘胜西进，于是和朱延寿一同追击汴军，最终在淠水大破葛从周。汴军被“杀溺殆尽”，残部在撤退途中又有无数士卒冻饿而死，最终撤回汴州的不足千人，朱温闻听两路皆败，亦自宿州退回。自此，杨行密雄霸江淮，朱温亦无力南下相争，而朱瑾则连年北犯，成为朱温的东南之患。
朱瑾又随杨行密北攻徐州，屯于吕梁，后因朱温亲率大军来援，乃引兵撤走，却被汴军追败于下邳。唐昭宗以李俨为江淮宣谕使，拜杨行密为东面诸道行营都统、封吴王，让他讨伐朱温。杨行密乃建立吴国，并承制封授官吏，以朱瑾领平卢节度使。不久，朱瑾随杨行密北征，但攻宿州不下，最终以“粮运不继”为由撤回淮南。
朱温篡唐称帝，建立后梁。当时，杨行密早已去世，其子杨渥继立，但在兵谏中被张颢、徐温所架空，杨渥拒不承认后梁政权，仍沿用唐朝年号，继续与朱温相抗衡。张颢、徐温又弑杀杨渥，改立其弟杨隆演，徐温随后又杀张颢，尽掌吴国军政大权。朱瑾在此期间一直效力于吴国，但在权力更迭中并没有发挥影响。
梁将王景仁入寇淮南，朱瑾与徐温率军抵御王景仁，起初败于赵步，随即又整军再战，在霍邱大败梁军。武宁节度使蒋殷据徐州反梁，归附吴国。后梁遂命牛存节、刘鄩讨伐蒋殷，朱瑾率军援救徐州，却为梁军所败。后来，徐温以长子徐知训居国都广陵辅政，自领兵出镇润州，后又改镇升州，但吴国大政始终都由徐温决断。
宿卫将李球、马谦劫持杨隆演，以勤王的名义召集库兵讨伐徐知训，陈兵于天兴门外。朱瑾恰自润州入都，率部击溃乱兵，擒斩李球、马谦。后来，朱瑾又与徐知训统兵北征后梁，围攻颍州，以配合盟国晋国的军事行动，后因梁将袁象先率军来救，乃撤归淮南。
徐知训辅政期间，骄横恣肆，不但凌辱诸将，甚至经常侮弄杨隆演，毫无君臣之礼，他早年曾向朱瑾学习兵法，得其悉心教授，后因向朱瑾索求名马被拒，竟派遣数名刺客去刺杀朱瑾。朱瑾将刺客悉数击杀，掩埋于后院，但却隐忍不发。后来，朱瑾派家妓去问候徐知训，却差点被徐知训强行占有，他愈加愤愤不平，数次劝说杨隆演寻机诛杀徐氏父子以除国患。
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