南衙、北司互有朋党，祸乱朝政，韦昭度讨西川不利，李磎拜相不合众心，请求诛杀二人。昭宗拒绝，只是贬谪二人，他们却在都亭驿杀了二人，又杀枢密使康尚弼及宦官数人，并迫使昭宗下诏将王珂调到匡国军、任命王珙为河中节度使。三节度使企图废黜昭宗，拥立皇兄吉王李保，但听闻李克用已起兵勤王，三人害怕，王行瑜、李茂贞各留兵二千人宿卫京师、监视昭宗，与韩建都返回本镇。
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李克用杀韩建等的同党晋州刺史王瑶，渡黄河，围华州，韩建登城请求解围，说：“我未尝失礼于李公，为何被攻打？”李克用回复道：“韩公身为人臣，逼天子，杀大臣，韩公要是有礼，谁是无礼者？”但得知李茂贞和王行瑜正在试图劫持昭宗后，李克用的兵锋又转向静难军。王行瑜败亡，震慑了李茂贞和韩建，迫使二人不得不有所收敛，一度变得非常恭顺。李克用请求昭宗同意他消灭李茂贞，但昭宗想维持平衡，不予批准，李克用随后撤回河东。此后，李茂贞和韩建又骄横如故，渐渐减少上贡，所上表章也语气傲慢。
昭宗选补数万人为殿后四军（安圣、捧宸、保宁、宣化）等军，让诸王统领，试图确立亲王典兵制，缓解李茂贞和韩建的压力，李茂贞认为昭宗让亲王典兵是针对自己，便再度调兵进军长安。昭宗告急于李克用，但李克用未奉诏。李茂贞打败覃王李嗣周，逼近长安，昭宗决定率百官和诸王逃离长安。昭宗离京后，本来在延王李戒丕建议下投奔河东，韩建遣其子韩从允奉表请昭宗幸华州，昭宗不许，并以韩建为京畿都指挥、安抚制置及开通四面道路、催促诸道纲运等使。韩建不停上表请幸华州，昭宗及从行官员也不愿走远，到富平时，就派遣宣徽使元公讯召韩建，面议去留。
韩建到富平迎驾，光着脚叩头认罪，并哭着说道：“现在跋扈的藩臣不止李茂贞，陛下要是离开宗庙园陵，远巡边疆，臣害怕车驾渡河就回不来了！如今华州兵力虽微弱，却控带关辅，也足以自保。臣积聚训厉已经十五年了，西距长安不远，愿陛下驾临，以图兴复。”昭宗也感动得哭了，于是驻跸华州，以府署为行宫，韩建去龙兴寺办公。
当时，随昭宗逃到镇国军的宰相们王抟、孙偓、陆扆畏惧韩建，不敢专断政事。昭宗诏令韩建参与议论朝政，韩建上表坚辞，于是作罢。韩建奉诏遣李巨川传檄天下诸藩镇，让他们把粮饷运到行在，协助修缮被李茂贞破坏的长安城。应韩建请求而被外放的宰相崔胤秘密求援于朱全忠，朱全忠遂与河南尹张全义上表请昭宗去洛阳，并反对外放崔胤，韩建害怕，奏请召回崔胤仍为宰相，遣使告谕朱全忠，朱全忠作罢。韩建经常从容奏道：“臣为陛下修营大内，结信诸侯，一二年间，必期兴复。”于是，昭宗以韩建为检校太尉，兼领修创京城、京畿制置、催促诸道纲运等使，由韩建督役辇运工作，复建大明宫。昭宗以韩建权知京兆尹兼把截使，要他攻打李茂贞，韩建不想攻打自己的盟友，加以劝止，李茂贞也在韩建的建议下上表请罪，故官军并未出师。
昭宗久在华州，一心回宫，与韩建的矛盾再次浮上水面，韩建视随驾而来的诸王军队为眼中钉，他与李巨川合谋，指使防城将张行思、花重武告称睦、济、韶、通、彭、韩、仪、陈八王谋杀韩建、再劫驾去河中，并将张行思所告奏于昭宗。昭宗大惊，召韩建告谕，韩建称病不入见，昭宗令诸王拜访韩建解释清楚，韩建依然不见，并上表称：“诸王忽然来拜访臣理事之所，不知意欲何为。臣仔细思考，不应与诸王相见。”又称：“诸王当自避嫌疑，不可轻为举措。陛下若以友爱含容，请依旧制，令他们归十六宅，好好选师傅教以诗书，不令他们典兵预政。”且请求解散他们的军队，只留殿后兵三十人为控鹤排马官，隶飞龙坊，韩建担心昭宗不从，率麾下精兵包围行宫，连续上表。
昭宗不得已，当夜诏令诸王所领军士放归田里，勒令诸王回归十六宅，其甲兵都交给韩建掌管。韩建又奏称：“陛下选贤任能就足以平息祸乱了，何必另外设置殿后四军？招募的都是坊市无赖奸猾之徒，平时就想着惹是生非，临难必不能用，却让他们张弓挟刃接近皇帝，臣私下感到寒心，乞求都罢去。”昭宗听从。于是殿后四军二万余人全部被解散，昭宗便没有了亲军。捧日都头李筠昔日在王行瑜、李茂贞图谋劫驾时护驾功居第一，韩建又率精兵数千包围行宫，逼杀李筠，昭宗害怕，赶紧下诏同意，韩建就在大云桥斩杀李筠。韩建又上奏引用永王李璘图谋自立、吐蕃和军阀朱玫拥立宗室为帝的例子，请求召还出使四方的诸王，又奏称方士们出入禁庭，眩惑圣听，应
