撒麻尔罕城的所有男女一律按照一百人为一组的老规矩，将其即刻分类编入队列，整队完毕后，将其驱逐到城门外指定地点集结，并采取了暴力抢劫策略。但是，也有例外，蒙古军队其中包括大法官、舍赫里 乌勒 伊斯兰以及清真寺伊玛目长老等社会贤达等人物则采取了宽容相待的特殊策略，他们这些人的财产却安然无恙，毫发未损。舍伊赫?乌勒?伊斯城内街道等公众场所随即贴出了安民告示，要求所有民众在得知这一告示后，一律到城门外集中，如有违抗命令者，躲在家里抗拒者，一律格杀勿论。当时，蒙古军通过这种形式，无辜杀害了不少平民。兰以
以花拉子模国王亲舅图盖伊汗为首的三万余名钦察兵携带着妻子儿女等家人来到了郊区驻扎，正式接受蒙古军的调遣，以示效忠。蒙古军以配发蒙古军装备为借口，当即悉数收缴其武器装备。除此外，蒙古军专门指定城外郊区一个山谷作为他们独有的驻扎地使用。未曾想到的是，就在第二天，蒙古军便对他们采取突袭的方式向他们驻地发起攻势，将他们尽情杀光，抢走所有财物和家当，以免后患。即便如此，钦察部中仍有少量的生存者存活了下来。每当谈起这一钦察部被全体灭口事件时，幸存者都会情不自禁地痛苦流泪，并且深有感触发出内心的感叹道：“他们不但失去了抵抗的勇气，就连逃命的想法都荡然无存了。”
为了不坐以待毙，当天夜里，内城约千名全副武装的人马在阿里普?艾力汗的率领下，毅然决然地从城门冲杀出来。在蒙古军的围追堵截厮杀下，冲出了包围圈，趁着蒙蒙的夜色，拼命地向外逃跑。直到后来，这队人马便与扎兰丁王子率领的队伍会合了。
话说城外集结的大批民众当中，确实有不少能工巧匠。蒙古人也清楚这一点，遂从中精心挑选出一批技艺高超的工匠，将他们派兵押送至遥远的蒙古本部故乡一带进行劳役。在当时，这些工匠所从事的涉及制造白麻纸、绫罗绸缎、纺织品、头巾、鞣革、马具、大铜锅、银质及金属杯子、剪刀、缝衣针、武器、箭、箭袋以及其他专供皇室家族、富商等阶层使用的各种名贵物品等手工业等行业。这些一流的工匠都被蒙古军有计划地带到内陆地区安置，逐一分配给了成吉思汗后代子女或直系亲属做奴隶，当长工，在专门从事修缮等一流工匠营坊里居住干活。自此以后，蒙古军不止一次地从撒马尔罕城大量挑选、并将一大批内地各行各业所需的能工巧匠以及青壮年劳力输送到那里，为其效力，这也是造成撒马尔罕及其周边地区人口稀少甚至渐渐演变成稀缺荒芜的原因之一。
当撒马尔罕内城被蒙古军完全攻占后，成吉思汗曾经骑马对城区一带进行了一次巡视，内城各个街面到处是堆满尸体、一片狼藉，惨不忍睹场面。尔后返回郊区行宫。当地气候炎热，蒙古军初来乍到，有些苦不堪言。不过，行宫花园中栽培种植的众多树木散发出来的清凉湿气，置身于其中，倒是使这位蒙古可汗感到莫大的清凉和爽快，乐在其中。战乱后在当地造成的哀鸿遍野以及在炎热的气温下大量尸首腐烂发霉，到处散发出一股难闻的臭味，怪味使得当地民众对此不堪忍受，也迫使他们从此地逃脱，远走异国他乡。
