当年，方杰阵前斩杀梁山猛将“霹雳火”秦明，又力战关胜、花荣、李应、朱仝之后，身心疲惫，正纵马回阵时，被卧底的柴进和燕青偷袭。
他猝不及防，被燕青一刀刺中摔落马下，鲜血直流，疼痛难忍。
方杰又气又恨，强忍伤痛，奋起神力，手持方天画戟，一招杀神破碎，逼退柴进和燕青之后，迅速突围而去。
宋江率领梁山好汉神勇无敌，打得方腊损兵折将，丢城失地，兵退杭州。
他审时度势，自知江山难保，于是命方杰和方金芝，保护小公子方亳和小公主逃走。并再三嘱咐：“今后你们一定要重建明教，推翻宋朝，另建南国，造福于民，切记！”
方杰和方金芝心如刀绞，悲痛欲绝。虽然心有不甘，但是知道形势危急，刻不容缓，只得领命而去。
宋江率领大军势如破竹，迅速包围了杭州城，然后冒着枪林箭雨，奋力攻打。
方腊知道事态严重，亲自指挥将士拼死抵抗，寡不敌众，死伤惨重。见大势已去，无力回天，被迫率军突围，跑到老家青溪帮源洞一带，继续拼命抵抗。结果又被梁山好汉和官兵击败，只好退进洞中，负隅顽抗。
宋江率领大军将方腊团团围住，成了瓮中之鳖。
武松在进洞激战中，奋起神威，如同猛虎扑了上去，单臂擒住了方腊，从此威名远扬。
方杰和方金芝带着小公子方亳和小公主正在逃难，正好遇到逃出来的方七佛和庞万秋，这才得知方腊和妻子邵仙英已经被俘，正在押往京城。
方杰、方金芝、方亳痛不欲生，心急如焚，发誓要去救回方腊。
方七佛颇为冷静，马上劝说：“大家不要冲动，我们势单力薄，现在去了就等于送死。我们死了不要紧，那圣公的子女怎么办？谁来保护他们啊？”
“是啊，我们现在的首要任务，就是赶紧找个地方安顿下来，将圣公的子女抚养成人，重建明教，再报仇雪恨，而不是现在去拼命，死得毫无价值。”庞万秋马上说出了自己的看法和建议。
方杰和方金芝感到言之有理，这才逐渐冷静下来。他们万般无奈，只好强忍心中悲痛，立即带领大家远赴苗疆，以便躲避朝廷的追杀。
方腊和妻子邵仙英被押往京城，秋后便被朝廷处死。至此，红巾起义彻底失败。
方杰和方金芝率领大家，历经千辛万苦到达苗疆之后，向酋长做了大概说明，最后请求：“酋长，我们现在已经国破家亡，无处可去，希望您能收留我们，将不胜感激，终生难忘！”
“行，我答应你们，在此休养生息，快乐生活。”酋长见方杰英雄神武，气宇轩昂，甚是喜欢，爽快答应了他的要求。
“谢谢酋长，我们会竭尽所能，报答您的收留之恩。”方杰喜出望外，感激不尽，马上致谢。
他雄心勃勃，开始重建明教，打开方腊临别之时交给的小盒子，见盒内装有一本明教圣经和一本武功秘籍——《大明十六式》。于是，遵照圣公方腊的意愿，立小公子方亳为明教教主，立小公主为明教圣女，方杰和方金芝为左右天王，方七佛和庞万秋为左右护法。
方亳年少，无法主政，由方杰暂代教主之职，负责教中一切事务；方金芝负责小教主和小圣女的学习、生活及练武等工作；方七佛和庞万秋则返回大宋，重建明教各分舵。
苗怡玮乃是酋长的女儿，不仅年轻貌美，武功不凡，而且用毒如神，飞刀绝技也是百发百中，江湖人称“蛇蝎美人”。
她非常喜欢方杰，给了他很大帮助。两人日久生情，结成夫妻，十分恩爱。
明教，是从波斯传于中国，方腊据此创立了明教，自命教主。并以红巾为标志，迅速聚众数万，起兵造反，声势浩大，震惊天下。唉，可惜功败垂成。
方杰为了不引起朝廷的注意，决定将明教改为神龙教，以便掩人耳目，躲避朝廷的追杀。
几年之后，方杰率领妻子苗怡玮、方金芝、方亳及圣女等人，重返大宋，准备杀了宋徽宗、蔡京、童贯、高俅和梁山好汉及其后人，以报国恨家仇，最后推翻宋朝，重建红巾南国……
那么，燕南飞到底上哪去了呢？
原来，她被方杰放下之后，发现自己既没受伤也没被点穴，不由心中暗喜。于是趁着两人运功疗伤之时，悄声慢步地走出破庙，然后撒腿就跑。
由于天黑路滑，她一路跌跌撞撞来到一座山神庙，深恐方杰和方金芝追来，马上藏在一堆杂物后，由于受到惊吓和劳累，不
