下狱的原因很复杂，同杨嗣昌闹矛盾是一方面，另一方面也是不愿意把秦军留在京畿一带，孙传庭上奏给崇祯皇帝，在奏疏里讲道“秦军不可留也。留则贼势张，无益于边，是代贼撤兵也。”
但崇祯皇帝执意要让秦军留在京畿和边关对付建奴，而孙传庭抗争无效，又被杨嗣昌拦住不让见崇祯皇帝，孙传庭一怒之下自称生病，请求告退。可是杨嗣昌说孙传庭称病乃推托之举，结构崇祯皇帝大怒，把孙传庭投入了大牢。
李国栋知道，孙传庭下狱事件，已经敲响了大明走向灭亡的丧钟。他不想管这件事，大明至今，也应该灭亡了，原来的既得利益者需要有人来收拾他们。而李国栋想要把满清和流贼当成收拾那些既得利益者的两把刀子，等到收拾完了那些士绅，他再出来收拾残局。大明虽然该灭亡，但不应该灭在胡虏之手，应该是灭在汉人手里。
更何况，陈新甲还给了李国栋一个警告“李将军，卢九台的一事你不要管了，你我一样，都是杨阁老的人，千万不要辜负了杨阁老对你的厚望”
李国栋知道，其实也是杨嗣昌让人来敲打自己。卢象升他肯定是要救的，但是自己一人进宫，身边没有兵，就没有必要在崇祯皇帝面前提起这件事，万一被投入大牢，那就陪着孙传庭一起完蛋了。
崇祯皇帝也没让李国栋等太长时间，很快就有人进入大营宣旨，让他进攻面圣。
这是李国栋第二次进宫面圣了，崇祯皇帝对李国栋立下的大功十分满意，龙颜大悦之下，又赏了他一套明光铠甲，一顶凤翅盔，一匹上好的汗血宝马，一柄宝剑，还有黄金白银等物。
杨嗣昌在边上也帮李国栋讲了不少好话，若不是大明的爵位不能随便给的话，崇祯皇帝都有心封李国栋为伯了。
因为孔庙被毁事件，杨嗣昌绝对不敢冒着得罪天下士绅的危险去同大清国和谈，总之和谈这条路子已经完全堵死了。此事陈新甲在前几日见到李国栋的时候，还询问过退敌之策。
如今崇祯皇帝再次问起“李爱卿，汝有何退敌良策”
