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最后小智选择理了杰尼龟，可是打开存放杰尼龟的精灵球才发现里面是空的，大木博士在一旁吐槽小智。
“那个已经被准时到来的训练家拿走了。”
听到大木博士的吐槽，小智满不在乎的回答：“哎呀，知道了知道了，迟到确实是我不应该，那我就选择是你了妙蛙种子从！”
可是打开宝贝球，依然是空的。
大木博士就在旁边补刀：“那个也被准时到来的训练家拿走了。”
无奈的小智只好看向最后一个精灵球，那就决定是你了，小火龙！可是打开之后依然是空的。
“哎吆~！难道我要空着双手去旅行吗？”小智无奈的向大木博士问道。
“是还有一只小精灵啦，可是有一点小问题。”
说完大木博士，按下开关将隐藏起来的精灵球拿给小智，小智打开精灵球，原来是一只皮卡丘。
不过这只皮卡丘很不喜欢呆在精灵球里面，而且很容易攻击人类，没有其他选择的小智就带着这只皮卡丘开始自己的小精灵大师之路。
大木博士也拿出事先准备好的精灵图鉴和五个精灵球递给小智。
收到初始训练家的全部物资之后，小智就离开大木博士的研究所。
一出研究所就发现镇上的人们还有小智的妈妈来给自己送行，小智的妈妈将整理好的物资放在背包里面，一一告诉小智的用途。
一番寒暄之后，小智就踏上了前往外面世界的道路。
刚出家门的小智一路上看什么都比较新鲜，可是小智的皮卡丘却不给小智的面子，说什么也不肯前进。
无奈之下的小智只好戴着胶皮手套，然后一同绳子拴着皮卡丘向着下一个城镇前进。
就在前进的道路上，小智发现了第一只野生的小精灵波波，可是皮卡丘不愿意听小智的话，并不想为小智战斗。
没有小精灵可以用的小智，就使用精灵球直接丢向波波，当然是捕捉失败了，行动失败的小智选择了另外一种方式来捕捉波波，那就是用自己的睡衣罩住波波，却不曾被罩子底下的波波使出了烈暴风，将小智吹飞了起来。
行动失败的小智只好看着波波飞走，进攻失败的小智捡起路边的石头砸向另外一只野生的小精灵，而那只小精灵是一个烈雀。
被攻击的烈雀选择向小智的皮卡丘发动进攻，却被皮卡丘的电击所击败。
被打败的烈雀呼朋唤友，召唤大部队前来协助，真的是一支穿云箭，千军万马来相见。
大群的烈雀，听到了这只被皮卡丘攻击的烈雀的求助热线，纷纷前来支援。
看到情况不对劲，小智和皮卡丘直接就开始逃命，虽然转身就跑，可还是被烈雀们追上来了，小智一边跑一边安慰皮卡丘，表示自己不会抛弃皮卡丘的。想要趁机缓和和皮卡丘的关系。
却不曾想，皮卡丘看了小智一眼，加速越过小智，将小智甩在身后，真的就是像故事里面说的。
三个人遇到熊，一个人爬上树，另外另个人扭头跑，一个人问另外一个人该怎么办，这样下去要被熊追上了。另外的人回到，没事，熊追上来，我只要跑的比你快就行了。
虽然皮卡丘跑的比小智快，可是烈雀们却是从天上发动进攻的，即使跑得快也没有用。
走投无路的小智情急之下，抱着皮卡丘就跳下一旁的瀑布，打算从水中躲开追逐的烈雀们。
与此同时，夸下海口，说不成为伟大的小精灵训练家就绝对不会回家的，华蓝市道馆四姐妹之中的幺妹小霞，此时正在常磐市南边的一条河边垂钓。
目标是成为伟大的水系小精灵大师的小霞，正是因为专精水系，所以才会专门守候在水边寻找机会捕获合适的水系小精灵。
因为听说这边有强大的水系小精灵，所以小霞才特地来这里垂钓。
就在小霞全神贯注的盯着水面的时候，发现浮在水面上面的鱼漂一沉，小霞就知道有鱼儿上钩了。
用力抓紧钓竿，大力的拖曳，将猎物甩上岸来，才发现，原来是被烈雀攻击而跳下瀑布的小智，看着抱在怀里受伤很重的皮卡丘，小霞忍不住给了小智一耳光，并责怪小智怎么照顾的小精灵。
因为关心小精灵的伤势，小霞告诉小智，附近有常磐市的医疗中心，并建议小智带着他的皮卡丘赶快快去治疗。
正在交谈中，穷追不舍的烈雀群又追着小智过来了，一看情况紧急，小智将皮卡
