包括由朝廷派往各郡监督《焚书令》执行情况的监御史，都认为此令不过是始皇和李斯一时冲动的结果，也许雷声过后就没事了。因为烧尽天下古书籍等于禁止人们吃饭、穿衣、睡觉一样荒唐可笑，无法执行。从朝廷到地方，从三公九卿到县乡小吏，哪个当官的没读过这些经典古籍，烧掉了它们，等于否定自己的过去，他们还有什么值得向百姓自傲的。
李斯看出来所有的官员都在敷衍了事，不动点真格的，由他一手炮制的《焚书令》有可能成为一纸空文。他向始皇上奏，说明了真实的情况后，向各郡派出了大量的密探，很快查处了一批执行不力的官员。为杀一儆百，将他们斩首的斩首，下狱的下狱。这一下，各地官员才相信李斯在玩真的，再也没有敢松懈，全都认真执行起来。
李斯进一步加强检举和连坐的执法力度，明令举报者重赏免罪，知情不报者与违法者同罪，一人私藏，邻里、亲属、朋友都株连获罪。在严刑峻法的威慑下，邻居举报邻居、朋友出卖朋友，甚至父亲告发儿子，儿子检举父亲的事情都屡见不鲜。
《焚书令》本是李斯和始皇在儒生问题上矫枉过正的产物，必然也引发起执行者矫枉过正的做法。于是，冤假错案层出不穷，严刑峻法使有的人胡乱招供，结果株连的范围越来越大，连坐的犯人越来越多，各郡不但监狱人满为患，而且被解往外地修筑长城的犯人也络绎不绝。
严刑峻法并不能使酷爱诗书的人们向荒谬的法令屈服。薛郡曲阜是孔子的故里，孔子第八代孙孔鲋正乘着夜色指挥着族人把一捆捆的诗书典籍藏进孔府大城殿的夹墙里。
“小心点儿，别摔坏了，这可是咱孔家的传世之宝啊！”满头白发的孔鲋一遍遍地嘱咐，生怕毛手毛脚的小伙子损坏了书简。“太公，您这么做可是犯法的事儿，真要是被官府发现，咱们孔家够灭族的。”年轻的小伙不无担扰地说。孔鲋气得胡须一撅一撅地说：“就是灭族也要保住咱先人孔圣人传下来的经典。咱们孔家为什么受世人尊崇？还不是因为孔圣先人传下来的圣贤之书。作为后人，虽然不能发扬光大，总该保存下来吧！否则，何以面对列祖列宗的神位。”
一位中年儒者忙劝解道：“太公息怒，晚辈不是正按照您说的去做吗？头可断、血可流，孔圣的经书不可丢。晚辈们不是贪生怕死之徒。”说着，又转向忙碌的人们说：“大家只管把书简藏好，不必担心，大成殿历来被天下人视为圣地。嬴政和李斯再狂妄也不敢抄大成殿。”
孔鲋仍不放心，目光严厉地扫视着族人，说道：“你们都是孔圣的人，一定要做好最坏的打算。如果官府听到风声来大成殿搜查，孔氏不分男女老幼，全部赶来保护祖宗经典。听见没有？”“听见了。”
经典古籍终于藏好。孔鲋亲自封好夹墙的入口，盖上掩饰物以后，又仔细地检查了几遍，才率族人悄然离去。
第二天，县尉果然带着搜查队来挨家挨户地搜查古籍，不但翻箱倒柜，而且拆墙毁室，遇到可疑的地方，更是挖地三尺。好在孔氏族人早有准备，家里收存的古籍该缴的缴了，该藏的藏了。搜查队折腾了半天，一无所获，悻悻而去。
孔鲋放下心来，正要回内室歇息，忽听大门外响起脚步声，负责暗中保护大成殿古籍的一名孔氏子弟气喘吁吁地跑进来，说：“太公，不……不好了。县尉要搜查大成殿。”孔鲋大吃一惊，来不及细问，忙吩咐道：“快，通知各家各户，全部去保护大成殿。”孔府大成殿前，县尉带领二百多名县卒正与几十名守护的孔氏子弟争吵，忽见黑压压的人群从四面八方向大成殿涌来。县卒一看这阵势，全都害怕了。孔氏子弟一见，高兴极了，一改刚才的软弱态度，硬梆梆地说道：“县尉大人，你看清楚了。这里可是孔府大成殿，天下圣地。你敢怎样？”
县尉被激得心头大起，怒声说：“本官只知道这里是大秦国土，要例行搜查。你们妨碍本官执行公务，想造反吗？”
“造反不敢，保护先人圣地是真。”一个苍老而哄亮的声音传进县尉的耳朵里。抬头一看，须发尽白的孔氏族长孔鲋正走过来，在他身后，成千上万的孔家族人把大成殿围起来。
县尉知道，孔鲋作为孔子八代孙在薛郡德高望重，受人敬重。所以他不敢怠慢，远远地抱拳施礼道：“孔老先生，下官有礼了。”孔鲋还礼，儒雅地笑问：“大人公务繁忙，哪有时间来大成殿祭拜圣人？”县尉尴尬地笑道：“下官也是人在公门，身不由己。不瞒老先生，本官的部属在大成殿后面的草地里捡到几片竹简，上面刻的是《周礼》的片段文字
