此事于方辅养病之余，权作消遣，意下如何？
“微臣遵旨，感激涕零。”方从哲闻朱由校之言，即刻跪拜谢恩，其意已了然于胸。
为张居正昭雪、翻案并追赠谥号，固然可矣，然需细梳其功过，昭告天下。更需寻觅一替罪羊，以解神宗清算之困局。
方从哲怀揣诏书离去，朱由校目送其背影，心中暗自揣摩：此番辞官之举，方卿究竟意欲何为？无移宫案之波折，东林未得势；红丸案中，崔文升因王安之故遭戮，李可灼则受嘉奖，朕亦勉强接受。至于弹劾方卿谋逆之奏，皆束之高阁，不予理睬。红丸案，岂是堂而皇之可议之事？更遑论沸沸扬扬，引天下人非议。无论是光宗因疾而终，还是丹药误命，皆为大明之耻，须得悄然处置。
“适才所言，可曾详录？呈朕一阅。”朱由校心绪难平，召来笔录太监，欲探方卿今日异状之因。
细品笔录，朱由校渐有所悟。名扬四海者，实乃号召四方之能；勇于直谏，则讽其言辞犀利，不畏强权；文采斐然，或言其文墨有余，实干不足。刘一燝长袖善舞，喻其交际广泛，实则暗指结党营私；韩爌讷直守信，原赞其质朴忠厚，今却讽其胆小畏缩。“朕之修为，尚待精进。”朱由校叹道，将笔录掷回。
彼时，方从哲已登车返府，面色凝重如便秘。辞官之意，皇帝未全允，仅赐病休，并委以重任——总结张居正生平。欲总结其人，必先明其事迹。然张居正一生，变法为纲。车轮滚滚，方从哲心生一计：“须设法让官应震共担此任。”否则，后患无穷。
再提夏伯启剁指案，洪武年间，广信贵溪有二儒士，夏伯启叔侄，自诩元儒遗风，为避新朝征召，竟截指明志。此事惊动太祖，朱元璋怒而遣锦衣卫擒之至南京，亲自审问。终以“心怀忿怒，拒不为朕所用”为由，处斩并抄家，以儆效尤。自此，“士大夫不为君用，枭首籍家”之律，载入《御制大诰》，成为太祖铁律。
