军面前溃败引发的混乱局面，科尔库特再次被授予萨鲁汉省，并开始密切关注兄弟艾哈迈德和塞利姆的动向。
尤其是艾哈迈德对他的威胁令他深感不安，因此他与已经在鲁米利亚一侧的塞利姆保持联系，并向他提供建议。
然而，塞利姆与父亲的冲突愈演愈烈，艾哈迈德甚至抵达伊斯坦布尔近郊后又撤退，这一系列事件使得科尔库特愈发焦虑。
尽管科尔库特多次声称自己无意争夺王位，但艾哈迈德对他的敌对行动迫使他带着少数随从突然逃往米哈利奇，随后经海路前往伊斯坦布尔，投奔了新军，并在一座清真寺中安顿下来。
次日，他住进了一名名为亚兹季·凯末尔的士兵家中。
一些史料记载，科尔库特未获父亲允许便前往伊斯坦布尔的举动，实际上是由于塞利姆的支持者日益增多，某些政府官员因此担心自身安危，急切地邀请他登上王位。
科尔库特未能从新军那里获得足够的支持，于是他对他们表示，自己并无意争夺王位，之所以来到这里，是为了阻止艾哈迈德王子登基。
他甚至声称，父亲送给艾哈迈德的支持资金已经被他截获，并准备将这些钱分发给新军士兵。
1512年4月科尔库特与父亲会面时，他解释自己前往伊斯坦布尔的原因是为了避开艾哈迈德王子的威胁。
科尔库特分发的资金，以及他声称与塞利姆没有任何冲突的言论，都被报告给了当时驻扎在伊斯坦布尔近郊的塞利姆。
根据当时的记载，科尔库特甚至前往切克梅杰迎接塞利姆，与他在马背上交谈了一段时间，然后陪伴他至埃迪尔内门，之后才分道扬镳。
在此地与塞利姆告别后，根据一份威尼斯人记载，科尔库特在次日未经任何登基仪式便被新军秘密护送上了一艘船，以避免他遭遇任何危险，并被送往马尼萨。
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当科尔库特在马尼萨时，他仍然保持着对塞利姆的忠诚。
甚至在兄长艾哈迈德试图与他结盟时，科尔库特也及时将这一企图告知了塞利姆。
尽管在给塞利姆的信中，科尔库特一再强调自己的忠诚，但他所使用的措辞却让宫廷内外，包括苏丹在内的人，产生了他怀有觊觎王位的野心的怀疑。
科尔库特在一封信中表达了对塞利姆误解自己的担忧，并对他的冷淡态度表示了埋怨，同时再次重申了自己对他的忠诚。
而塞利姆对此回信时态度冷淡。
塞利姆及其手下的官员们都认为科尔库特的存在对王位构成了威胁。
因此，奥斯曼历史记录中提到的关于科尔库特因相信塞利姆发来的虚假王位邀请信而给出正面回复，最终因此被除掉的说法或许反映了一种为了正当化此事的解释。
当科尔库特得知兄长正带领一万大军向自己进发时，他带着忠心耿耿的随从皮亚勒，悄悄从马尼萨逃离，计划前往埃及，于是朝特克省的方向出发。
然而，他在伊斯塔诺兹（即科尔库特省）附近的一个山洞中被抓获，随后在被押送至布尔萨的途中，经过埃格里格兹（艾梅特）小镇时，遭到卫队长辛南·阿迦的勒杀。
根据记录科尔库特个人物品的清单显示，这份“清单账册”标有919年穆哈兰姆月5日（即1513年3月13日）的日期，说明他的死亡时间要么是在这天，要么是在前一天。
科尔库特的遗体被运送至布尔萨，并于穆哈兰姆月9日（1513年3月17日）安葬在奥尔汗·加齐陵寝。
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至此，塞利姆一世彻底掌握了奥斯曼帝国的王位。
