查理去世后，他的帝国内举行了大量的纪念活动，包括在墨西哥和秘鲁。
为皇帝的灵魂安排了大约30,000场弥撒，并分发了他为赎回囚犯、贫穷处女和乞丐而准备的30,000个杜卡特金币。
但他因长期战争而欠下巨额债务，远远超出手头资金，他的继承者们花了几十年才偿还完毕。
查理最初被安葬在尤斯特修道院的礼拜堂，但他在遗嘱中附加了一份遗嘱附录，请求建立一个新的宗教基金会，他将与伊莎贝拉一起重新安葬。
1559年他回到西班牙后，他们的儿子菲利普承担起了实现父亲愿望的任务，创立了圣洛伦索·埃尔埃斯科里亚尔修道院。
在1574年修道院的皇家墓穴完成后，查理和伊莎贝拉的遗体被迁移并重新安葬在皇家礼拜堂的祭坛正下方的小墓穴中，符合查理的愿望，要求“半身埋在祭坛下，半身埋在祭司的脚下”，与伊莎贝拉并肩而眠。
在着名的修道院大教堂和皇家陵墓仍在建设中时，他们的遗体就安放在皇家礼拜堂。
1654年，随着大教堂和皇家陵墓在他们曾曾孙菲利普四世统治期间最终完工，查理和伊莎贝拉的遗骸被移入直接位于大教堂下方的皇家王室墓穴。
在大教堂的一侧，有查理和伊莎贝拉的青铜雕像，后面是他们的女儿玛利亚·奥地利和查理的姐妹埃莉诺·奥地利及玛丽·匈牙利的雕像。
正对着他们的另一侧是菲利普与他的三位妻子以及他们不幸的孙子阿斯图里亚斯王子卡洛斯的雕像。
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查理的金币
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最后说说查理的钱包。
查理的主要收入来源于卡斯蒂利亚、那不勒斯和低地国家，这些地区在1520年代年均收入约为280万西班牙杜卡特，而在1540年代则约为480万西班牙杜卡特。
斐迪南一世（Ferdinand I）的年收入总额在170万到190万威尼斯杜卡特之间（约215万到250万弗罗林或莱茵金币）。
他们的主要敌人奥斯曼帝国（ottomans）则拥有更为精简和高效的系统，在1527年至1528年间总收入达到1000万金币，并且没有出现赤字。
他常常不得不依赖银行家的贷款。
在他统治期间，他总共借了2800万杜卡特，其中有550万杜卡特来自富格尔家族（Fuggers），420万来自奥格斯堡的维尔塞家族（welsers）。
其他债权人来自热那亚、安特卫普和西班牙。
