西斯内罗斯坚持要求后，被关进监狱，先是在乌塞达，后来是在圣托尔卡斯堡（Santorcaz）。
六年来，西斯内罗斯坚持自己的权利，随时可以离开，如果他放弃的话，但最终在1480年，卡里略看到西斯内罗斯坚定的信念，给予了他一个教职。
出于对进一步报复的恐惧，西斯内罗斯几乎立即将其教职调换为在西贡萨（Siguenza）的一个牧师职位，那里是红衣主教佩德罗·冈萨雷斯·德·门多萨（cardinal pedro González de mendoza）任职，他不久后任命西斯内罗斯为教区的总牧师。
在西贡萨，西斯内罗斯因其工作而获得赞誉，似乎在世俗神职人员中走上了成功之路，但在1484年时，他在48岁时突然决定成为一名方济各会修士。
放弃所有世俗财物，将洗礼名“冈萨洛”（Gonzalo）改为“弗朗西斯”（Francisco），他进入了费迪南德二世和伊莎贝拉一世在托莱多新成立的圣胡安·德·洛斯·雷耶斯修道院（San Juan de los Reyes）。
他不满足于修士正常的简朴生活，自愿睡在光秃的地面上，穿着粗糙的苦衣，增加禁食的次数，热情地自我克制。
事实上，尽管在权力巅峰时期，他的私人生活始终保持严格的禁欲。
