两个根本性的缺陷。
首先，费迪南德（Ferdinand）在辩论中仓促通过了“教会保留条款”（reservatum ecclesiasticum）；该条款并未经过像“教随国定”（cuius regio, eius religio）那样广泛的讨论和接受。
因此，它的措辞并未涵盖所有，甚至大多数可能的法律情形。
而费迪南德声明（declaratio Ferdinandei）根本没有在全体会议上进行辩论。
费迪南德利用他“处理和解决”（\"act and settle\"）的权力在最后一刻添加了这条，回应了王公家族和骑士的游说。
虽然这些具体的缺陷在随后的几十年里困扰了帝国，但或许《奥格斯堡和约》最大的弱点是它未能考虑到所谓福音派和改革宗传统中日益多样化的宗教表达。
在这些年间，其他宗派获得了民众的支持，尽管在法律上不被承认。
到1555年，路德提出的改革已不再是唯一的宗教表达方式：
如弗里斯兰的门诺·西门（menno Simons, 1492–1559）及其追随者的再洗礼派（Anabaptists）；
约翰·加尔文（John calvin）的追随者，他们在德意志西南部和西北部尤为强大；
以及乌尔里希·茨温利（huldrych Zwingli）的追随者都被排除在《奥格斯堡和约》之外。
这些宗派的宗教信仰根据《奥格斯堡和约》，仍被视为异端。
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1556年，在极其隆重的仪式中，查理五世在他最宠爱的随从之一，24岁的沉默的威廉（william the Silent）（威廉一世）的肩膀上依靠着，把他的领土和职位交了出去。
西班牙帝国（Spanish Empire），包括西班牙（Spain）、哈布斯堡尼德兰（habsburg Netherlands）、那不勒斯王国（Kingdom of Naples）、米兰公国（duchy of milan）和西班牙在美洲的殖民地，都交给了他的儿子菲利普（philip）。
费迪南德（Ferdinand）成为奥地利（Austria）的君主，并接替查理成为神圣罗马帝国皇帝（holy Roman Emperor）。
这件事早在1531年1月5日就已确定，当时费迪南德当选为罗马人民的国王（King of the Romans），因此成为现任皇帝的合法继承人。
1536年，费迪南德作为罗马人民国王的纹章（coat of arms of Ferdinand I as King of the Romans），霍夫堡宫（hofburg palace），维也纳（Vienna）。
查理的决定是合适的。
菲利普在文化上属于西班牙：他出生在巴利亚多利德（Valladolid），在西班牙宫廷长大，他的母语是西班牙语，他更愿意住在西班牙。
费迪南德则熟悉神圣罗马帝国的其他王公。
尽管他也出生在西班牙，但自1531年以来，他一直在管理他兄长在帝国的事务。
有些历史学家认为费迪南德也受到了宗教改革思想的影响，可能是神圣罗马帝国最接近新教皇帝的一位。
尽管他一生中名义上是天主教徒，但据说他在临终时拒绝了临终圣礼。
另一些历史学家认为他和他的兄长一样虔诚于天主教，但更倾向于将宗教视为政治之外的事情。
查理的退位对帝国与法国（France）和尼德兰（Netherlands）的外交关系产生了深远影响，尤其是在他将西班牙王国分配给菲利普方面。
在法国，国王及其大臣对哈布斯堡的包围日益感到不安，并从德国边界的领土，甚至一些新教国王中寻找盟友，以对抗哈布斯堡的霸权。
在尼德兰，菲利普在西班牙的继位带来了特别的问题。
为了和谐、秩序和繁荣，查理并没有阻止宗教改革，并容忍了相当程度的地方自治。
菲利普是一位狂热的天主教徒，也是一个严格的专制君主，他对荷兰采取了激进的政治、经济和宗教政策，导致了他登基后不久的荷兰叛乱。
菲利普的军事回应导致哈布斯堡西班
