时,军政部所属之各署、司机构亦有变动：
军务司司长仍为王文宣.该司辖军事、防务、整备3个科。1937年7月为适应抗战需要增设要
塞组，负责各要塞之整理、建设与行政教育事项。1938年为统筹办理炮兵部队.成立炮兵组，专司其责，
军法司1937年9月军事委员会军法执行总监部成立，将该司所属军法处并入军法执行总监部审判组，仍由军法司人员兼办：该司司长仍为王震南：
交通司司长王景禄。抗日战争爆发后，由于交通业务日益繁重，陆续增设汽车、燃料、经理3个科.
兵工署仍以俞大维担任署长。所属除署本部外，军械司、司长陈隐冀.1938年陈隐冀调任参事，陈东生任司长：1937年9月增设机械、兵器2个科：制造司。司长杨继曾。技术司，司长仍由俞大维兼任。
军需署署长周骏彦，所属各司基本没有变化。
军医署1937年9月由军医司扩大而成，司长原为梅贻琳，扩大为署后于1938年7月任命胡兰生为署长,下设3个处及1个视察室，以下分科办事：第一处分人事、经理、事务3个科及会计室：第二处分医务、伤病处理、材料3个科；第三处分教
育、卫生2个科及统计室。1937年9月张建调任军医学校教育长，胡兰生接任署长。
会计处1937年10月设立军政部武昌办事处，1938年冬，又在桂林设立分处，均受会计长指挥：军事委员会计政室于1938年6月归并于会计处，定名为军政部会计处军事计政设计委员会，内分岁计、会计、审核、统计各组，每组设组长1人，办理关于规划、改进军事计政业务：会计长仍为陈良.
该部所属总务厅、马政司等人事、职掌仍旧：
三、军令部
1938年初，gmd国防最高会议常务委员会第四十三次会议决定，将原大本营所设第一部与gm政府参谋本部合并组成为军令部。该部于2月1日正式成立，直隶军事委员会，掌国防建设、地方绥靖及陆海空军之动员作战；后方勤务之筹划运用；情报及国际政情之搜集整理；参谋人员、陆军大学、测量总局及驻外武官之统辖与运用等事项：以徐永昌为部长，熊斌、杨杰为次长.军令部下设总务及第一、第二3个厅：第一厅掌关于国防作战事宜，辖4个处12个科；第二厅掌关于情报与派遣驻外武官及外国武官接待等事宜，辖4个处12个科及技术室、侦查电台；总务厅掌关于参谋人事教育及总务章则等事宜,辖3个处6个科。每厅设厅长、副厅长各1人。1938年3月28日任命刘斐为第一厅厅长，徐培根为第二厅厅长，陈焯为总务厅厅长。另外设有部属幕僚,由主任高级参谋、主任秘书及高级副官分别主管各有关业务，即高级参谋掌不属于各厅的机要及审核章则等事宜，部成立之后，任命张华甫为主任高级参谋，张元祜、刘云乾、杨宣诚等18人为特级高级参谋；主任秘书掌拟各种文牍及部分会报等事宜；高级副官掌接待中外来宾及传达重要命令等事宜.旋因人事、经费无着，仍于2月间先后呈准设将级高级参谋18人，校级参谋40人.6月该部呈奉核定顾问3人，附员80人.
根据军令部组织法，该部下辖工兵指挥部、炮兵指挥部、通讯兵指挥部、战史编纂委员会，通讯总所、技术室、各省测量局、各种测量队、陆军大学暨参谋班、中央陆地测量学校暨分校、边务研究所、重庆核心阵地参谋团、特种兵器实验组、通讯人员训练班、谍报参谋训练班等。工兵指挥部掌一般工兵的使用计划与作战指导，独立工兵的指挥；工兵部队的编组、整补、训练、考核：工兵技术的设计改进；预备阵地的侦察、永久工事位置的算勘及作业指导等事宜.炮兵指挥部掌各战区有关炮兵的使用计划及考核各炮兵部队的战斗指挥、整补、训练等事宜.通讯兵指挥部掌一切通讯兵使用的计划与指导；通讯兵的调查分派；研究关于通讯兵的使用对策及技术设计等事宜.战史编纂委员会掌战史的编纂及编译事宜。各省测量局掌各省测量及其行政事宜：各种测量队掌测量事宜.陆军大学掌高等军事教育,中央测量学校掌测量教育：边务研究所掌边务教育。重庆核心阵地参谋团掌重庆核心工事的规划并监督其实施事宜。特种兵器实验组掌水雷及江湖阻塞兵器的研究事宜。通讯人员训练班掌情报通讯教育。谍报参谋训练班掌谍报参谋教育。
四、军训部
1938年1月军事委员会对所属进行改组.将gm政府训练总监部改为军训部。2月
