日任命黄琪翔（字御行）为副司令长官。参谋长郭忏（字悔吾）。1942年7月10日，任命王缵绪（字治易，第29集团军总司令）为第6战区副司令长官。下辖4个集团军，1个江防军和2个指挥部。1943年2月12日，陈诚调任中国远征军司令长官，第5战区副司令长官孙连仲代理第6战区司令长官职。同年6月，孙正式升任司令长官。1944年1月5日，郭忏被任命为该战区副司令长官兼参谋长。1945年2月11日任命陈继承（字武民，重庆卫戍总司令部副总司令）为副司令长官。6月26日，孙连仲改任新成立的第11战区司令长官，同日调第1战区副令长官孙蔚如继任该战区司令长官。8月7日任命周碞（字奉璋，第26集团军总司令）为该战区副总司令。同日任命冯治安（字仰之
，第33集团军总司令）为该战区副总令。此时的序列是：总司令孙蔚如；副总司令吴奇伟、郭忏、陈继承、周碞、冯治安；参谋长郭忏兼。抗战结束后，该战区与第9战区合编为武汉行营。
抗战时期gmd军队战区及其编制
陆海空军最高统帅军事委员会
委员长：蒋中正
参谋总长：何应钦
第一期抗战编建序列一：1937.8-12，共8个战区
第一战区：冀鲁战区
司令长官：蒋介石
副司令长官：鹿仲麟
第二战区：晋察绥战区
司令长官：阎锡山
副司令长官：黄绍兹
第三战区：苏南及浙江战区
司令长官：冯玉祥（1937.8-9）；蒋介石（1937.9-12兼）；顾祝同（1937.12起）
副司令长官：顾祝同（1937.8-12）
第四战区：闽粤战区
司令长官：何应钦
副司令长官：余汉谋
第五战区：苏北及鲁南战区
司令长官：蒋介石（1937.8-9兼）；李宗仁（1937.9起）
副司令长官：韩复榘
第六战区：津浦路北战区（1937.11撤）
司令长官：冯玉祥
副司令长官：鹿仲麟
第七战区：浙赣线战区
司令长官：刘湘
副司令长官：陈诚
第八战区：陕甘宁战区
司令长官：蒋介石（兼）
副司令长官：朱绍良
第二期抗战编建序列二：1938.1-10，共7个战区
第一战区：平汉路战区
司令长官：程潜
副司令长官：宋哲元、刘峙
第二战区：山西战区
司令长官：阎锡山
副司令长官：卫立煌、黄绍闳
第三战区：苏浙战区
司令长官：顾祝同
副司令长官：唐式遵
第四战区：两广战区
司令长官：何应钦
副司令长官：余汉谋
第五战区：津浦南线战区
司令长官：李宗仁、白崇禧
副司令长官：韩复榘、李品仙
第八战区：甘宁青战区
司令长官：蒋介石（兼）
副司令长官：朱绍良
第九战区：武汉战区
司令长官：陈诚、罗奇
抗战中后期序列一：1938.11-1940.6共11个战区
第一战区：河南及皖北
司令长官：卫立煌
副司令长官：孙连仲、冯钦哉
第二战区：山西及陕西一部分
司令长官：阎锡山
副司令长官：卫立煌、朱德、杨爱源
第三战区：苏南、皖南及闽浙两省
司令长官：顾祝同
副司令长官：唐式遵
第四战区：两广
司令长官：蒋介石（兼）、张发奎
副司令长官：张发奎、余汉谋、夏威、吴奇伟
第五战区：皖西、鄂北、豫西
司令长官：李宗仁
副司令长官：李品仙、孙连仲
第六战区：湘西
司令长官：陈诚、商震
副司令长官：商震杨森、谷正伦
