是因为二位太子都英年早逝，秦穆宗是没有机会成为太子并继承皇位的。因此，穆宗能够继承皇位，对于他自身而言，或许是一个意外，史书也称其“未意奉纂，苍卒南面”。?
由于其本来没有预料到自身会被立为太子甚至继承皇位，因此，穆宗在此前似乎并没有留心过如何治理国家：
初，帝既位光宗第三子，不虞能奉国本，以是鲜留心于典章治术，惟耽溺乎声色犬马。?
但是，作为皇位继承者的秦穆宗，在其继承大位后一开始并没有懈怠于政，相反，秦穆宗在即位初期，继承了其父亲秦光宗的施政原则，继续对门阀势力进行抑制：
始即位，尚励精图治，察门阀势盛，遂擢用朱詹、杨运之属，欲修政理。?
如《穆宗纪》所言，秦穆宗在刚刚即位之时，“励精图治”，并察觉到了“门阀势盛”，于是任用了“朱詹、杨运之属”，企图“修政理”。
如此看来，似乎秦穆宗在其统治初期是通过任用朱詹、杨运，来抑制门阀势力，考察秦穆宗初期门阀势力的政治实态，此说应当不误。秦穆宗初期，其朝堂最明显的变化之一，就在于尚书台、中书台和六部等重要机构的最高长官不再像光宗在位时期那样，几乎由门阀人士垄断，而是出现了由“非高第”的寒门人士担任尚书台、中书台和六部中部分机构的最高长官：
（高隆二年）五月，以朱詹为尚书台令，杨运为中书台令，邓灼为秘书台令，冉垕为御史台令，薛楚为吏部尚书，薛臻为户部尚书，严南为礼部尚书，王峤为工部尚书，冯兰为刑部尚书，任灌为兵部尚书，刘震为司隶校尉。朱詹者，河北人；杨运者，济阴人，并非高第，显擢为宰辅，当时异之，多有议论。有谏帝者，帝每与欢谈，顾左右而言他。?
其中，尚书台令朱詹、中书台令杨运、工部尚书王峤皆非出自门阀。如果说工部尚书作为主管“掌百工商旅，土木兴建”的工部最高长官，?对于朝政的运行影响尚且有限的话，“掌出纳诏命，布政四方，为天下之所赖”的尚书台，和“掌报呈万机，草拟诏旨，为四海之枢纽”的中书台这两个几乎是东秦中央最为重要的行政机构，其最高长官不再由门阀人士担任，而是由出身并不显贵的寒门人士担任，无疑体现了秦穆宗试图通过任用朱詹、杨运等寒门人士掌控尚书台和中书台，来抑制门阀势力对当时朝政的影响。
通过《前秦书·朱詹传》和《前秦书·杨运传》考察朱詹和杨运二人，可以发现，取代门阀人士担任尚书台和中书台最高长官的二人身上也存在着不少相同点：1.二者皆是穆宗还为太子之时就结识的旧臣；2.二者家世都并不显赫；3.二者都被《前秦书》第37卷，都被认为是“寒门之秀材”。?
综合以上记载，在穆宗初期：1.穆宗不再将尚书台和中书台的最高长官（尚书台令和中书台令）交给门阀人士；2.尚书台令和中书台令由门第不显、而与穆宗较为亲密的“寒门”人士担任。由此，可以发现，穆宗在位初期，确实在“察门阀势盛”之后，“遂擢用朱詹、杨运之属”，以抑制门阀势力。从这个角度看，穆宗在其在位初期，实际上是继承了其父亲秦光宗的施政原则，继续对门阀势力进行抑制。但是，我们很容易发现，秦穆宗抑制门阀的手段显然与其父秦光宗不同。其父秦光宗是通过利用中书通事舍人和尚书检校郎等地位不高的机要之职，控制朝政，抑制门阀，但其仍然将四台六部的高级官位授予门阀人士；而秦穆宗则是直接通过尚书台令和中书台令这两个中央重要机构的最高职位（“台相”），控制朝政，抑制门阀。因此，秦光宗虽然在事实上对门阀势力进行了抑制，但其在表面上，仍然对门阀势力进行了一定程度上的维护，换而言之，其对门阀势力的抑制，并不是多么“露骨”，而是非常的隐晦，因此也就显得较为缓和，故而光宗在位时期，门阀势力并没有进行明显反抗；而相较之下，秦穆宗对门阀势力的抑制则直接体现在了尚书台和中书台最高长官的任命上，显得极为“露骨”，其措施非常激进。
在这种情况下，感到自身利益受到明显威胁的门阀势力，自然对秦穆宗的行为颇觉不满，对朱詹和杨运极为忌恨，甚至不断伺机企图中伤朱詹和杨运，形成了当时门阀势力与寒门人士的对立：
（朱）詹既拜相，常昼夜不离台司，勤勉庶务，甚得称职，然门阀贵士，颇不容之，常绊其事，而不能沮詹克功。?
运门第不显，一朝登为宰相，人皆疑之。然运在中书，断决敏速，当时以为良才，而门阀重臣，颇忌恨之。?
