爪哇岛建立起统治秩序，对投降者进行妥善安置与管理，所谓妥善的安置和管理，当然就是先去劳动改造，确保爪哇岛的稳定与发展，使其成为龙虎军在东南海域统治的重要支撑点。
征服爪哇岛后，龙虎军继续向后世印尼其他诸岛进军。巴厘岛等其他岛屿上有较多的土着部落聚居。郑芝龙率领海盗们前往这些岛屿进行袭击威慑。对于那些愿意投降的部落，龙虎军给予一定的自治权，并帮助他们发展生产，改善生活。但对于那些拒不投降的部落，郑芝龙的海盗们则毫不留情地发动攻击。海盗们凭借着熟悉的海上作战方式，从海上对部落进行突袭，烧毁他们的船只和沿海建筑，然后配合龙虎军的步兵团和骑兵千总进行陆地围剿，将这些部落的反抗力量彻底消灭，以确保龙虎军对印尼诸岛的全面掌控。
历经近一年的征战，在李长寿的指挥下，龙虎军成功统一了东南海域所有岛屿。澳大利亚也已遥遥在望。
