人死难，叛军虏获居民男女数万，男丁都被杀死，女子都被作为压寨夫人犒赏军士，以笼络人心，不少女子不堪侮辱或投缳或投井而死，亦有一烈女冯氏半夜手持剪刀力杀两贼兵，后不敌围攻而战死。叛军在屠城后将尸首扔出东门外，城外壕堑皆被填平。
此后，孔等三贼气焰更加嚣张，孔有德设官置属，自号都元帅，李九成为副元帅，耿仲明、陈有时、毛承禄等任命为总兵官，开始攻伐附近黄县、平度诸城。吴桥兵变发展成登莱大乱，作为三方布置之一方的登莱方面土崩瓦解，反成朝廷肘腋之患。孔李耿此举严重影响了明朝的战略部署，又形成了对后金事实上的巨大战略支援。
作为一个高度中央集权的庞大帝国，军队是国家安全的最重要支柱，军弱则国弱，军乱则国乱，军亡则国亡。而军队乱必先乱于军制，大明自中叶起，卫所兵渐已腐朽不堪，众将不得已募兵而战，可从此军队逐渐沦为私家之兵，并不自知实为国家所养，遂成只知有家主，不知有朝廷之私兵。如有忠诚如戚继光俞大遒者，尚可依为国之干城；如有明里为国暗里为家族牟利者如李成梁祖大寿，用的好则为国之柱石，用不好则为边防黑洞；一旦将领视大节如无物，只知以兵权趋利避害，如孔耿李之流，则其掌握的军队必将成为国家之祸，且其军越强，为害越大。
是以凡以为国家计者，兵必为国家所养，将必为国家所御，此历史反复验证之真理也，可惜明廷因登莱变乱才明白此理。其不惜重金所打造骄兵在权衡明金压力后竟然掉头反噬自己，且愈加难制。明廷不得不将抚宁迁安整训的关宁军抽调万人南下，旅顺总兵黄龙、广鹿岛副将尚可喜也受命停止进攻复州，南下参与平叛。卢象升之前已派出杨国柱部由陆路南下，探知金兵撤退到三岔河以东后，卢再调吴开先部从海路南下助攻，意图早日平定叛乱。
吴开先一直派徐海龙对海州盖州复州金州一带进行侦察，了解到各地往牛庄送粮的情况，得卢象升的南下将令后先搂草打兔子，解决部分粮草问题和解救了千余难民，之后便剑指登州而来。
