双方至此完全撕破脸面，拉开了1603年马尼拉大屠杀的血腥大幕。
菲律宾总督唐佩德罗德阿古纳终于集结好了他的正规军部队，加上为数几千的邦邦牙土着兵，还有数百日本浪人武士。在各殖民点的教堂，也开始给西班牙平民殖民者分发武器，组建殖民者民兵。
当天上午十点，从通多赶来的五千多名华人包围了西班牙军队上尉马奎那的住家，这个首先对华人屠杀的军官。华人们动手点火烧屋，马奎那上尉全家六人包括两名幼子在内统统被杀。上尉还被华人起义者斩首，首级插在了庄园大门口的木柱上。
此刻，由于意见不统一，留守涧内和比农多的华人在一处教堂固守，人数将近上万。菲律宾总督下令西班牙军队发动反击。
涧内华人总管黄康的儿子，黄达(教名安东尼)，他在教堂里鼓动华人基督徒反抗，而他的父亲还在为西班牙人和华人之间的和平到处斡旋。
比农多成了西班牙军主力的攻击目标，黄达的部众被击溃，比农多被西班牙人收复。
为了取得粮食，另一批华人起义者向通多沼泽北部一处缓坡上的德尔蒙塔修道院发动进攻，西班牙军队在修道院门口列阵，占据了地利。奥古斯丁修会的修道士们和西班牙士兵一样，手持武器向蜂拥而来的华人起义者射击，并且用两门炮猛烈轰击散乱的华人队伍，密密麻麻的华人被一片片打倒。
这是单方面的屠杀，摆好了阵型的西班牙军打败了缺乏火器的华人。在往后几天的混战中，华人战斗人员几近两万，一度在通多沼泽地里击败了一支西班牙正规军讨伐队。
10月4日，前任菲律宾总督达斯马里纳斯上校不顾劝阻，带着百余人深入沼泽地带搜剿华人。华人们埋伏在沼泽地水草丛中，以不顾一切地贴身肉搏抵消了西班牙人火枪的威力，将西班牙士兵杀死在沼泽地里。
其中，战死在沼泽地的有马尼拉大主教的侄子佩德罗德贝纳维德斯，他被华人抓住，抱手拉脚把他的头往泥水里摁，活活被沼泽地的泥浆憋死了。
前任菲律宾总督之子达斯马里纳斯上校曾经带队在巴石河北岸无情截杀华人，因此，华人们针对上校的复仇打击又多又狠。口吐鲜血的上校拼命挣扎，奇迹般冲出人群，然而，在他面前的是更多愤怒的华人。上校歪歪扭扭走了几步，跪倒在泥浆中，在胸前画着十字，一边吐血一边口念祈祷文。一名剃着了短发的华人基督徒走上前来，毫不犹豫用大棒击中了上校的后脑勺，打断了达斯马里纳斯上校和上帝之间的心灵交流，直接送他去见了上帝。据说，这个华人基督徒是种植园大屠杀中唯一的幸存者。
西班牙帝国的前菲律宾总督，曾竭力鼓吹侵略中国的路易斯·佩雷斯·达斯马里纳斯上校，和他的父亲一样，也成了华人的手下亡魂。（其父亲戈麦斯也曾经是总督，被华人潘和五起义部众在海上打死）上校成了一具尸体后，立刻被斩首，首级被高高插在一根西班牙长矛上，周围都是欢呼胜利的华人起义者。
不久后，五百日本浪人冲入涧内烧杀抢掠，马尼拉城的大炮也轰击涧内，还留在涧内的华人都是富裕户，不愿意冒险参加起义，但还是被日本人的烈火和刀剑全数杀死。
10月6日，黄达带领的人和众多的华人汇合后，发动了对马尼拉城的进攻。华人们冒着炮火彻夜进攻，但因守城西班牙人有火炮火枪，马尼拉王城被华人们建设得很高大坚固，华人在城下死伤惨重，两天后不得不退守郊外。
西班牙人再次从外岛召集两百多名西班牙，以及两千名邦邦牙土着战士，配合五百名日本町的日本浪人，开始全面反攻。乌合之众的华人这时开始犯不团结的老毛病，内部意见不一，还在基督徒和非基督徒之间、漳州籍和泉州籍之间闹内讧。
华人首领黄达在内讧中被杀。
西班牙人再次攻入比农多，残余的华人基督徒全数被杀，唐人街总管黄康在比农多的家也被土着兵一把火烧掉。黄康的妻子女儿和小儿子事先已经在屋内上吊自杀，她们的遗体悬挂在屋内，和自己的家一起被大火化为乌有。
华人基督徒大约还有100多名躲藏在比农多的圣方济各会教堂内。他们去马尼拉投降西班牙人，却被大炮打了回来，乘战场上一片混乱躲藏到了这里。听到四周的枪声，他们涌出了教堂，跪在教堂前举着十字架向西班牙人乞求宽恕。
宿务土着兵们的长戟短矛丝毫未受十字架阻扰，很快这些华人基督徒就被一一杀死，土着兵还一把火把剩下的那些躲在教堂内的华人基督徒统
