半田作之助是东京魔法大学一年制课程的首批学生之一，原本住在埼玉县埼玉市。
埼玉市是由于陨石灾害而治安完全崩溃的一个普通地区。
那些没有魔女或魔法使的地方，几乎都走向了悲惨的命运。魔物接二连三的袭击让居民无法抵抗，暴力和抢掠的风暴席卷而来。即便自卫队和警察试图延缓崩溃，弹药耗尽后，魔物的暴力依旧吞噬一切。
身体虚弱、头脑简单、行动迟缓的人，不论男女老幼，都会在短短一个月内死于灾难。魔女和魔法使所在的区域，生存人口大约维持在20%，而没有魔法保护的地方，生存率只有0.1%到5%。埼玉市也未能例外。
半田作之助，三十多岁，本是水道工事店的工人，在灾难中失去了全家。尽管心中充满了悲痛，他并未陷入绝望，而是被社会剧变的洪流推着走。能活下来，完全是运气。
在埼玉市，魔物横行，半田通过强盗行为勉强维持了近一年的生存。然而，他最终对这一切感到厌倦，放弃了隐匿的栖身之所，开始向南方寻找理想的家园。
如果在旅途中被魔物杀死，也比继续在死气沉沉的环境中，靠从临终老人和孤儿身上抢夺物资来生存更好。
他听说东京的魔女们借助魔物的力量保护人民，并分发食物。半田决定沿荒川向东京进发。
在这个信息封锁的世界里，没办法核实这些传言的真实性。类似的传闻到处都是，或许是人们渴望得到救赎的幻象。但关于魔女的传闻，他隐约感到有些可信。或许这只是他内心的渴望，但最终，他的信念得到了回报。
作为外来避难民，半田被接纳进入东京，接受了健康检查后，被分配到青灵魔女所管理的区域——一个横跨荒川区与台东区的管理区。
新生活开始了。
首先，他惊讶于自己竟然被当作“人类”来对待。能遇到如此对待陌生人的人，真是久违的经历。
更令人吃惊的是，东京竟然依然保持着秩序。
这里有组织，有政治。那些在灾难前理所当然的社会制度，在这里却成了半田所不曾想象的异世界文化。
青灵魔女的管理区的居民们对半田表示同情，说他是被不幸安排到了花之魔女的管辖区。在东京的魔女们中，住在花之魔女管理区的无疑是最不幸的。虽然这不是最糟糕的地区，但在这里很难有一个体面的死法。
花之魔女管理区最显着的特征就是，居民的尸体会被花之魔女吸收为养分。为了避免这种命运，试图逃出区外的居民会被花之魔女制止。
在花之魔女的管理区，没有墓地。死者的尸体会被花的根系从地下拖入土中，成为她的养分。这样，花之魔女会在此基础上开出异常美丽的花朵，仿佛是人间的奇迹。
但除了这一点，生活倒也不算太糟。
依靠花之魔女的丰饶魔法，居民每天都能吃到三餐，食物由谷物、蔬菜和水果构成。整个区域的地下根系会迅速消灭任何出现的魔物。空中的魔物，只有警备队才能应对，或者请求其他区域的魔女援助。生活没有魔物骚扰，本就轻松不少。
花之魔女仅以“不可偷盗、不可杀戮、不可欺骗”为基本法则，不会对居民进行过多干涉。
至于部分居民对尸体被吃掉的恐惧，半田并不在意。在他看来，东京的平和才是最让人惊讶的，毕竟，他从未见过其他地方有能力让人不再为死后的事担忧。毕竟，花之魔女并非为了食物而主动制造死亡，她只是把死者的尸体转化为养分而已，根本没有必要为此烦恼。
在花之魔女的管理区度过了几个月，半田的身心得到了恢复。他开始过上平静的生活，但有一天，他遇到了魔法使。
这位自称能看见未来的魔法使，看起来和半田差不多大，衣着邋遢，穿着一套皱巴巴的西装，但他却大胆地与花之魔女进行了交涉，达成了某种协议后离开了（后来半田得知，他通过支付代价获得了丰饶魔法）。
看着这位外来者安然离开，半田忽然意识到，或许自己也能通过交涉，脱离花之魔女管理区，过上不同的生活。
花之魔女的法则是，她会吸收死去居民的尸体作为养分，并禁止他们逃离这个区域。无论如何，这似乎并非铁定不变的法则。只要有足够的力量、地位，或者通过交涉，或许就能逃脱这一切，摆脱永远在这里生活的命运。
在经历了几个月相较于前一年更加平静的生活后，半田心中开始产生了欲望。他开始想去看看东京其他区域的样子。
