船缓缓降落在离基地不远的地方。从飞船里走出一些外形奇特的生物，它们手持先进的武器。原来，地球的变异生物事件引起了外星人的注意，它们企图趁虚而入，占领地球。
面对新的敌人，队长镇定自若。他指挥队员们利用基地现有的武器装备进行抵抗，并尝试与外星人沟通。经过一番波折，队员们展示了人类顽强的斗志和智慧，外星人竟改变主意，表示愿意协助人类清理剩余的变异生物隐患，前提是共享地球的部分资源。队长权衡利弊后答应下来，从此人类开启了与外星人合作应对地球危机的新篇章。
在与外星人合作一段时间后，地球的变异生物数量逐渐减少。但队长却发现外星人的行为有些可疑，他们收集变异生物样本的数量远超清理所需。一天，队长偷偷跟踪外星人的运输队，发现他们将大量变异生物样本运往一个秘密基地。队长怀疑外星人有不良企图，回去后便和队员们商议对策。他们决定先暗中调查，找出外星人真正目的。队员们潜入秘密基地附近，通过侦查设备看到外星人正在对变异生物样本进行逆向工程研究，试图制造更强大的生物兵器。队长意识到不能再任由外星人发展下去，他率领队员制定了一个大胆计划——破坏外星人的研究设施。趁着夜色，队员们发动突袭。战斗激烈展开，尽管外星人武器先进，但人类凭借熟悉地形和默契配合，逐渐占据上风。关键时刻，队长找到核心能源装置并将其引爆。巨大的爆炸摧毁了研究设施，外星人大惊失色。面对愤怒的外星人，队长表明立场，若他们再有异心，人类绝不姑息。外星人无奈之下，只能遵守承诺，老老实实地与人类共同清理剩余变异生物。
