重新获得封地——周灭商以后，仍然为商朝后裔保留了宋国作为封国，不薄待前朝，也是均衡天下力量的一种方法。给前朝贵胄以礼遇，能最大限度降低敌意，避免地方对新王朝的抵触。分封天下的方案暗中得到了军方势力和一些大臣的支持，由博士淳于越上书陛下，希望按照周制，重新分封天下，让动荡的天下早日恢复和平。
但是嬴政说——如果保留六国的封国，那我这些年的仗不是白打了？
通过宫中内侍听到嬴政这句话，知道嬴政心意的丞相李斯，静思数日，终于上书《天下郡国疏》，力陈周分封天下，导致八百年诸国纷争，天下动荡由此引起，欲天下安宁，王朝万世一系，最好的办法乃是政由天子，官吏亦出自天子，也就是仿照秦国多年行使有效的郡县制，放大到整个天下，将天下划分为三十六郡，郡守均由天子委任，可以轮调升迁贬谪，但不可世袭。
此论一出，朝议纷纷。有赞成的，有反对的。赞成者多是秦国青年官吏，因为自己资历浅薄，但是年富力强，如果采取郡县制，则自己有机会出任郡守县令，掌管一方。但是老臣勋臣对郡县制不以为意，拿出来的理由是过去秦国偏居一隅，郡县管理有效。但天下之大，从东海到西岭，从北漠到南海，设立郡县，快马送报，朝廷政令也需要月余才能抵达边僻之地，地方有事，又需月余朝廷才能知晓，一往一来，信息交通甚至要一个季度，当地情况可能早已发生变化，郡县制不适合对远方国度的管理和治理。
在这种争论中，丞相李斯再次上书，说六国灭亡，天下初定，各国仍使用旧有六国史书教育当地，不能归心。丞相李斯要求天下焚烧《秦记》以外的列国史籍，限期收缴民间私藏的《诗》、《书》等书籍并烧毁，禁止私学，想学法令的人要以官吏为师。身处争论中心的嬴政允诺了李斯所请，于是在咸阳举行了一次焚书，将在咸阳市井搜罗的诗、书和六国史书，堆聚在广场上，一把火烧掉。据说熊熊烈焰高入云霄，所有人为此震撼，以诗书为生的儒生嚎啕哭嚎，连身在阿房宫的陛下都能听到。
焚书之后，关于郡县制和分封制的讨论一时沉寂，郡国论占了上风，朝廷开始规划郡县区划，筹备外派郡县的官员。秦国的世家、勋臣、高官们将注意力放在如何通过郡县制度划分政治权利实力范畴的紧张斗争中。市井争论也少了很多。
但是过不多久，方士卢生、侯生等替陛下求仙失败后，携带求仙用的巨资出逃。负责追缉调查的官员在处理案件的过程中发现卢生、侯生平日有私下谈论秦始皇的为人、执政以及求仙等各个方面不满之词，陛下看到案卷后大怒，下令在京城搜查审讯，抓获方士460人并全部活埋，这次处死的多数是招摇撞骗的方士，但是其中也混杂了若干腹诽陛下的儒生。这一事件便被传言陛下有灭儒之心。引发天下儒生恐惧，很多儒生纷纷改换了冠服，伪作其它门派的门人。
公子扶苏担忧民间对朝中政令的反对，忧虑儒者与大秦离心，于是上书劝诫陛下以宽为政，灭国之后不必灭史，更不能妄杀天下儒生，陛下震怒，贬扶苏回上郡监督蒙恬大军和直道工程。
这一系列事件，史称焚书坑儒事件。后世历史学者认为，秦始皇焚书坑儒，是不可宽恕辩白的暴行，焚书坑儒也是秦国灭亡的诱因。
在工程部，张诚看到了被陛下下放到上郡的公子扶苏。
被贬谪的扶苏，并没有一般人猜测的悲苦落魄，神色如常，就好像只是调动了一下工作，又好像是回到了第二故乡。毕竟，这些年，除了在咸阳，扶苏度过最久的地方就是上郡。这里的山川风貌，民俗物产，乃至这里的人，有很多都是扶苏熟悉的。
但是站在直道工程部的门口，扶苏还是觉得有一点陌生。
