孙恩一看形势不妙，带着两千多男女逃回了海岛。
朝廷一看谢琰挺能打，就让他当会稽太守。可这家伙，当了太守就不管武备了。孙恩一看机会又来了，又攻打会稽，谢琰被打败，死了。孙恩又转攻临海，朝廷那是大惊失色，派兵去打，结果没打赢。这时候，刘裕出场了，他当上了下邳太守，去郁州打孙恩，打了个大败仗。孙恩又攻临海，被太守景辛给打败了。孙恩带着抢来的三吴男女逃跑，结果死的差不多了，他自己也跳海自杀了。他的小弟们也跟着跳海，被称为水仙。剩下几千人，推举孙恩的妹夫卢循当头儿。
卢循这家伙，长得帅气，还有才艺，但心里头不安分。桓玄想安抚东边，就让卢循当永嘉太守。卢循虽然答应了，但抢劫杀人的事儿没少干。桓玄让他哥哥桓伟当江州刺史，镇守夏口，还派了司马刁畅去襄阳，让皇甫敷、冯该守隘口，训练士兵，等着朝廷出乱子。他还老派人给朝廷送祥瑞，给会稽王道子写信，说王恭的事儿，元显吓得不行。
张法顺给元显出主意，说桓玄刚得荆州，人心不稳，让刘牢之当前锋，大军跟上，就能打败桓玄。元显觉得有理。这时候，武昌太守庾楷来找元显，说愿意当内应。元显大喜，派张法顺去京口找刘牢之，刘牢之觉得难办。张法顺回来跟元显说，刘牢之可能要反，不如杀了他。元显不听，大治水军，让刘牢之当前锋，谯王尚之当后部，去讨伐桓玄。
桓玄一听，大惊失色，也起兵反了。桓玄的兵到了姑熟，刘牢之又反了桓玄，元显的军队溃散。桓玄进了建康，自己当了太尉，掌握了大权，杀了元显、谯王尚之等人，还让刘牢之当会稽内史。刘牢之一看，这是夺我的兵权啊，灾祸要来了。他召集手下商量，想占据江北讨伐桓玄。参军刘袭说：“最不可行的事就是反叛。将军你反过王恭，反过司马元显，现在又反桓玄，一人三反，怎么立足？”说完就走了，手下也都跑了。刘牢之害怕，带着手下往北跑，到了新州，上吊自杀了。道子他们也都死了。
桓玄刚上台那会儿，那是要风得风，要雨得雨，他踢掉了那些奸臣，提拔了不少贤能之士，京城的百姓们都乐开了花，以为这下子能过上几天安稳日子了。可没过多久，桓玄就原形毕露，奢华无度，政令朝令夕改，拉帮结派，把朝廷那是欺负得够呛。皇帝连饭都吃不饱，衣服都穿不暖，老百姓们那是大失所望啊。
桓玄这家伙，自己当上了相国，还封了十郡的地盘当楚王，加了九锡的殊荣，没多久，他就把皇帝给踹下台，自己当上了皇帝，国号楚，把原来的皇帝贬成了平固王，赶到浔阳去了。桓玄刚坐上龙椅，那御床就塌了，把底下的大臣们都吓了一跳。刘裕跟着桓修去朝见桓玄，桓玄的皇后刘氏那可是个聪明人，她跟桓玄说：“你看刘裕，走路带风，眼神儿都不一样，将来恐怕不会久居人下，不如早点把他给解决了。”
桓玄却说：“我现在正忙着平定中原呢，除了刘裕，没人能帮我。等中原稳定了，咱们再商量这事儿。”刘裕跟何无忌坐一条船回京口，俩人那是密谋着要复兴晋朝。刘毅家在京口，也加入了他们的行列。何无忌说：“这天底下，草莽之中，也不缺英雄好汉。”刘毅说：“我看到的，就只有刘裕一个。”何无忌笑了笑，没搭话，回去跟刘裕说了。
他们商量好了，何无忌晚上就开始写檄文，他老妈，也就是刘牢之的姐姐，偷看到了，哭着说：“我比不上东海吕母啊！你能这么做，我还有啥遗憾的？”刘裕问何无忌：“咱们现在急需一个府主簿，上哪儿找去？”何无忌说：“没有比刘道和更合适的了。”刘道和，就是东莞的刘穆之。刘裕立刻派人去请，刘穆之一到，就被任命为府主簿。
刘裕找了个游猎的借口，跟何无忌招兵买马，凑了一百多人。天一亮，京口的城门一开，何无忌穿上传诏的衣服，自称是皇帝派来的，带着人马就冲了进去，一刀就把桓修给剁了，提着人头满街跑。刘毅也带着壮士冲进去，把桓宏也给宰了。大家一商量，推刘裕当盟主。
桓玄这时候那是急得跟热锅上的蚂蚁似的，有人说：“刘裕那就是一群乌合之众，成不了气候。”桓玄却说：“刘裕那可是能当一世枭雄的人。他家里穷得叮当响，赌博却能一掷百万。何无忌跟他舅舅一样，俩人一起干大事，怎么能说成不了气候呢？”桓玄想退到舟山，按兵不动，等着刘裕来攻。可桓谦他们非要打，桓玄没办法，只好跟刘裕在舟山干了一仗，结果被刘裕打了个落花流水。
刘裕带着刘毅他们，分成几队往前冲，他自己打头阵。刘裕的军队跟桓玄的猛将吴甫之在江东
