在巴拿马，独立运动的主要首领是大庄园主何塞·奥古斯丁·阿兰戈父子，其他还有托马斯·阿里亚斯、费德里科·博伊德等人。
这些人，早就受美国影响了，是安插在哥伦比亚的间谍。
在欧洲关注非洲的的时侯，美国发动行动，支持叛变分子控制巴拿马，最后操纵独立成功！
1903年3月，美国陆军部长按照总统的指示，派出情报人员到巴拿马地峡协助亲美分子组织独立运动时，就看中了阿兰戈父子，以他们为首组成了“巴拿马爱国者小组”。
5月，曾任科隆高官，并长期在美国巴拿马铁路公司任职的曼纽埃尔·阿马多·格雷罗加入了“爱国者小组”，成为其首领。
6月14日，美国《纽约世界报》发表文章，鼓吹如果哥伦比亚政府一意孤行，仍然为美国收购法国运河公司的租让权设障，则巴拿马人民为扞卫自身利益，应该脱离哥伦比亚而独立。
7月，“爱国者小组”开始讨论独立起义的具体计划，并积极沟通美国，寻求帮助。
8月，阿马多到纽约会见了克伦威尔和瓦里亚，得到了美国政府将会支持独立起义的消息，瓦里亚表示，他已得到西奥多·罗斯总统和米尔顿·海约翰国务卿的明确承诺，美国政府将承认巴拿马独立并保护革命者。
1903年9月1日，美国国务院将起义需要的文件等物品交给了瓦里亚，包括军事计划、密电码、独立宣言文稿、巴拿马宪法、国旗等等，瓦里亚自己预支了50万法郎给阿马多，作为起义经费。
1903年10月20日，阿马多返回科隆，他虽对此行的成果感到欣慰，但又觉得光凭一个法国人的承诺，就拿自己的命运、事业甚至生命去冒险有些不妥，关键时刻，阿马多的妻子多尼亚·玛丽亚给了他巨大的精神支持。
这时，经过革命者的游说再加上5万美元的赠款，哥伦比亚驻军司令埃斯特万·乌埃尔塔斯决定加入“爱国者小组”，这对起义来说无疑是雪中送炭。
很快，阿马多又用3.5万美元收买了一位哥伦比亚炮艇艇长，事情发展到这一步，哥伦比亚政府终于察觉了巴拿马政局的异常动向，立即派2名将军率领40名士兵乘一艘炮艇前往科隆，以防非常事变，但此时美国巡洋舰“纳什维尔”号突然开进科隆港，公开阻止哥伦比亚军队进入巴拿马城。
1903年11月3日，两位将军刚到巴拿马城，下午17时就被已经叛变的乌埃尔塔斯逮捕了，阿马多通知美国领事馆，巴拿马已经与哥伦比亚正式脱离关系，阿兰戈父子在巴拿马城的大教堂广场，当众宣布成立巴拿马临时执政委员会，委员会的成员包括巴拿马上流分子和美国铁路公司的高级职员。当晚，巴拿马市议会举行特别会议，承认了这个新政权，
1903年11月4日，巴拿马举行群众，宣布独立，推选阿马多为共和国首任总统，阿马多在会上致辞时高呼：“巴拿马共和国万岁！罗斯福万岁！美国万岁！”的口号，成为世界外交史上的一个趣闻。
对于巴拿马的独立，一位美国参议员写道：巴拿马人民是站起来了，像11个人一样！因为巴拿马独立起义是在美国支持下，由7个巴拿马人和4个美国人策划的。”
古斯塔夫·阿道夫·梅利安德写道:“巴拿马是为了便宜而嫁给美国”，是一个“损害主权的杂种国家”。埃里克·莱昂则认为，巴拿马是一个“得了萎缩症的国家”。
巴拿马一独立之后，独立的政府立刻与美国签订卖国条约。
巴拿马独立后，美国立即催促新政府签订运河条约，瓦里亚被巴拿马政府任命为驻美国公使，授予签订运河条约的全权。
1903年11月18日，美国与巴拿马共和国签订了《美国与巴拿马共和国关于修建一条连接大西洋和太平洋的通航运河的专约》，简称“美马条约”或“海约翰－布诺·瓦里亚条约”。
条约规定，美国保证巴拿马的独立，巴拿马把宽10英里、面积1432平方公里的运河区交给美国永久占领、控制，巴拿马湾中的一些岛屿也交给美国使用，美国一次性付给巴拿马1000万美元。
自1913年起，每年支付25万美元，第三条甚至明确规定巴拿马共和国不得在运河区执行国家主权，这就把运河区变成了国中之国。第五条规定美国拥有对巴拿马运河和铁路公司的全部财产的永久垄断权，第八条规定法国运河公司和铁路公司的全部财产和权利均须转让给美国，第二十四条规定，今后巴拿马共和国的政治
