带着资料，两人杀出重围。回到总部后，众人依据资料研究应对未知文明的策略，少年郎和见习守护者则时刻待命，准备迎接未来更艰巨的任务。
数日后，总部传来消息，疑似发现未知文明的踪迹在遥远星系的一颗巨大气态行星附近。少年郎和见习守护者再次领命出征。
到达目的地后，只见那气态行星周围环绕着奇异光芒。他们小心潜入光芒范围内，发现一艘庞大无比的旗舰。舰体散发着强大压迫力，显然比之前那破旧飞船高级得多。
正当他们思考如何登舰探查时，突然被一束光线笼罩，两人被强行拉进旗舰内部。舰内到处都是复杂精密的仪器，还有无数透明容器，里面装着各种奇形怪状的生物标本。
他们在探索途中触发机关，一群机械士兵蜂拥而至。这次的机械士兵更加智能强大，战斗难度陡增。关键时刻，少年郎发现环境中的某些能量波动可以干扰机械士兵的信号。于是利用这点，两人边躲避边引导能量波动冲击敌人，逐步消灭机械士兵。
继续深入后，他们看到一个巨大屏幕，上面显示着未知文明获取神秘能源后的恐怖计划。两人深知必须阻止，于是开始寻找破坏旗舰关键系统的方法，新一轮的冒险就此展开。
少年郎和见习守护者在舰内四处搜寻，终于在一个隐蔽角落发现了像是旗舰中枢控制系统的装置。然而，装置周围布满了高能护盾和防御机制。少年郎试着用携带的能量工具破解护盾，见习守护者则警惕着随时可能出现的危险。
就在护盾快要被攻破时，舰内广播突然响起一阵尖锐的啸叫声，紧接着一群更为先进的战斗机器人朝他们冲来。这些机器人不仅速度极快，而且能够自我修复。两人一时陷入苦战。
突然，少年郎发现机器人每次修复都会短暂停滞，他灵机一动，故意引诱机器人攻击自己，同时示意见习守护者找准时机攻击修复中的机器人。经过一番配合，他们成功击败这批机器人。
接着，少年郎抓紧时间破除护盾，进入中枢系统并植入病毒程序。旗舰开始出现紊乱，他们趁机逃离旗舰。
随着旗舰的瘫痪，未知文明的恐怖计划被迫中止。少年郎和见习守护者成为英雄返回总部，而他们知道，宇宙间依然存在着诸多未知威胁，未来仍需保持警惕。
回到总部之后，少年郎和见习守护者并没有放松下来。他们知道，仅仅挫败这一次未知文明的计划并不意味着永远安全。
数周后的一天，总部监测到一股微弱但熟悉的能量波动。经分析，这股波动很可能是未知文明卷土重来的前奏。少年郎和见习守护者主动请缨前去探查。
循着波动来源，他们来到一片星云之中。这里绚丽多彩的气体背后仿佛隐藏着无尽的秘密。突然，周围空间泛起涟漪，他们被传送到一个陌生的空间。这里有一座巨大的建筑，散发着古老而神秘的气息。
走进建筑，里面布满了错综复杂的通道。他们在探索时，意外唤醒了沉睡在此处的守护者，一个浑身散发蓝光的巨人。巨人二话不说发起攻击，他们只能一边躲避一边寻找制服巨人的方法。少年郎发现巨人脚下有能量纹路连接建筑各处，猜测切断纹路或许能削弱它。见习守护者掩护少年郎靠近巨人脚底，少年郎奋力一击打断纹路，巨人果然变弱，最终被他们合力制伏。之后，他们继续探寻这座建筑，希望能找到彻底阻止未知文明的办法。
