复战舰，外星生物兑现承诺修复了扭曲空间，主角再次化解危机回归星际方舟。
回到星际方舟后，主角还没来得及休息，监测系统再次报警。原来在遥远的星系边缘，出现了一系列异常的恒星爆炸。这些爆炸并非自然现象，而是呈现出规律的排列顺序，像是某种信号传递。主角带领团队立刻出发前去探查。
途中，他们截获了一段模糊的通讯，似乎是一个未知势力在操控这一切。到达星系边缘后，他们发现一个巨大的人造结构体正在汲取恒星能量，周围环绕着无数小型飞行器负责防卫。
主角决定先尝试与这个势力沟通，然而对方毫不理会并且发起攻击。在激烈交火中，主角发现这些飞行器有着独特的能量护盾。他回想起之前在古老战舰上遇到的能量转换方式，尝试调整己方武器频率。
果然，这种攻击有效突破了护盾。他们逐渐靠近结构体，在关键时刻，主角发现这个结构体的核心弱点。他率领队员精准打击，结构体崩溃，恒星爆炸停止，主角又一次成为星际和平的扞卫者。
主角刚松口气，却收到方舟传来的紧急讯息。原来在他们离开期间，方舟上莫名出现多起设备故障事件，而且部分船员行为变得异常古怪。主角火速赶回方舟，只见走廊里灯光闪烁不定，一些船员眼神呆滞地游荡着。主角联系技术人员检查，结果显示是一种新型的电子病毒入侵。这种病毒不仅干扰设备，还影响人的神经系统。主角猜测这与刚刚挫败的未知势力有关。
主角决定深入调查病毒源头。在查找过程中，他们发现病毒源来自一个伪装成普通货物的小型装置。正当准备处理这个装置时，突然四周响起一阵尖锐的啸声，眼前浮现出一道虚幻的影像。影像中的神秘人宣称这只是报复的开端，如果主角再敢破坏他们的计划，将会遭受更可怕的灾难。主角愤怒不已，发誓一定要揪出背后的黑手，彻底粉碎他们的阴谋，保护星际的安宁。
主角开始逆向追踪这个神秘人的信号来源，他带领着技术骨干日以继夜地研究。经过一番苦斗，终于定位到信号来自于一个废弃的小行星基地。
主角毫不犹豫地带领小队奔赴那里。一进基地，就感觉到一股压抑的气氛。四处弥漫着绿色的烟雾，墙壁上闪烁着诡异的光线。
他们小心翼翼地探索着，突然一群机械傀儡冲了出来。这些傀儡身形高大，动作迅猛，手上的武器射出强烈的电流。
主角指挥队员分散开来，灵活躲避攻击并伺机反击。在战斗中，主角发现傀儡的行动似乎受中央控制系统支配，只要摧毁它就能解决危机。
经过艰难搜索，他们找到了控制室。主角巧妙破解防护系统，冲进室内。就在要破坏控制系统时，神秘人的影像再次出现。
“你们阻止不了我的，这只是我计划的冰山一角。”
主角冷笑一声：“不管你有多少阴谋诡计，我都会一一粉碎。”说完便果断摧毁了控制系统。机械傀儡瞬间瘫痪，主角知道，离揪出幕后黑手又近了一步。
