深，一字形排开，中间为大雄宝殿，两边各隔一个天井，有厢房，天井的上下各有走廊与大雄宝殿相连。大殿前有山门，门前有上下两埕，均用黑砖铺就。大殿后墙有胡同与两边厢房相通。寺院原有直额“资福寺”被毁。“大雄宝殿”横匾在考古时只发现碎块，经拼凑后四个鎏金大字尚算完整，行书体，洒脱飘逸、龙飞凤舞。大殿现存横匾一块“宰化人天”，是九龙匾，匾上的鎏金题额、大字和落款均被揭走。
资福寺旁有两块巨大的石板，都有2米多高，1米多宽，20多厘米厚，其中一块上刻“朝耕山陇云，暮钓西桥月。澄渚一闲人，林泉甘独拙。”取的是南宋朱熹“耕云钓月”的意境。
另一块石板上刻“僧继言造”，是北宋治平年间南少林寺的继言和尚用一指禅神功手刻上去的。
资福寺的旁边有5口大石槽，是文物考古时挖掘出来的，最小的长1.2米，高0.5米；最大的长2.3米，宽1.1米，高1.3米。当地村民说以前有30多口，后来许多被开了去做门窗石碑小桥等用途了，仅剩5口。每口石槽都有刻着许多文字，年代久远，日晒雨淋，许多文字已经模糊不清。其中一口石槽上沿，清楚地刻着“治平二年……班首继言……方丈……诸罗汉浴煎茶散”等字样。由此可以证明继言和尚存在的真实性，为他的断代找到了实物依据。还有一口石槽上刻“嘉佑癸卯九月造”“当院僧兵”等字样，可以看出当时是有“僧兵”的，而历朝历代，有僧兵的，只有嵩山少林寺及其分寺。
南少林寺有一件镇寺之宝，就是天然的达摩璧。这是一块玉璧，打磨完了天然显现达摩祖师像，被南少林寺奉为镇寺之宝。清初清兵围攻南少林寺，火烧南少林三天三夜，只逃出去五个和尚，就是前五祖，其中有达宗和尚，他的舍利塔遗址就在林山村的塔西小山坡上。南少林的南拳由此广为传播和发扬，对南方数省和东南亚影响巨大。
火烧南少林之后，匆忙逃生的人，并未带走那块镇寺之宝——达摩璧，从此，就湮没在了南少林的废墟之中。时光荏苒，到了1969年，一位香港人，听师辈口口相传，南少林的达摩璧极有可能还在南少林遗址，他就悄悄的来到林山村，到处挖掘寻找，最后终于在2米多深的地下挖到了，他将达摩璧带到了香港。直到1992年，人民大会堂的新闻发布会公布了找到南少林寺的消息，并决定重修南少林寺，这位香港人，又将这块达摩璧完好无损地归还给了南少林，放在莆田人民银行的保险柜里。
林山村的塔西，存有“达宗和尚塔”的塔基遗址。
南少林寺西有个“红花亭”，里面是“保民殿”，建于隆武二年（1646年丙戌，南明绍宗朱聿键的年号，对应清朝是顺治三年），为莆田人郑郏和陆圻所建，后为反清复明义士的聚会之所。保民殿的“民”字是出头的，意为“反清复明”“为民出头”。神案底座是石砌莲花图案，亭柱对联为“柏酒倾杯绿，篱花带雨红”，因下联有“红花”，故名红花亭。亨柱上有“万物总归三尺剑，五云时现七星旗”的对联，殿内柱子两副对联分别是“手持七星护国泰，足执二法保民安”， “剑下龟蛇照日月，旗中龙虎透云霄”，由殿内供奉的是郑成功、万云龙、陈近南，这几个对联和洪门“花亭结义改姓洪”等，可以证明这里是当时洪门，即天地会聚会结义的地方。
南少林后山，明朝以前叫“佛山”，后来据说是朱元璋的三子、晋恭王朱棡，为避靖难之乱，逃至莆田九莲山，在南少林的寺西建了一个院子，隐居读书，就是“朱三读书院”，也叫“朱三太子庙”。后来，“佛山”也就改称“朱山”了，现名“祖山尾”。朱三庙经历了明万历三十一年（1603年）莆田的8级大地震、清初的火烧南少林，大致完好。
祖山尾海拔642.4米，西部大舞寨600.2米，东部山头尾576.6米，南部斜仑595.5米，紫霄峰559米，南少林寺对面的巨岩“石面桶”（又叫卧佛山）576.6米。
南少林寺所在的九莲山林山村，保存大量与寺院有关的地名，如院前、院后、院口、塔里、塔西、放生池、练功埕、马槽等，更有与习武和僧兵有关的姑嫂营、南营、后营、尾营、将军庙、旗杆坪等。
南少林寺周围有下院苦竹寺、霞梧院、紫霄寺、九莲岩、飞石岩等，环绕着林泉院，形成洋洋大观的寺院群落，十方丛林的恢宏气势可见一斑。九莲山形似“观音坐莲”，祖山又形似大小两个弥勒菩萨，对门又有卧佛，左右有文殊菩萨的狮山和普贤菩萨的象山。远望可以看见三江入海
