《问刑条例》，删除《大明律》中多项残暴法令。任用贤明公正的执法官吏，要求内外慎刑狱，提高了司法公正性。
- 个人品德高尚：躬行节俭，禁止内府加派御用物料，减少供御物品。宽厚仁慈，对上书冒犯的平民缪恭也未加罪。与张皇后感情深厚，一生只有一位皇后，堪称封建帝王中的典范。
不足
- 军事战略局限：对蒙古侵略消极应对，最终导致明朝对河套地区彻底失控。战略上以防御为主，缺乏积极进攻意识，难以从根本上消除外敌隐患。
- 后期用人失误：在位中后期宠信宦官李广、李兴等，他们仗势擅权、收受贿赂、侵占民田，而朱佑樘对大臣的弹劾置若罔闻。
- 外戚管理失当：对张皇后亲属过于纵容，多次加封皇后亲属，对张家兄弟的违法行为视而不见，上书弹劾的大臣反而被关进监狱。
- 改革不够彻底：虽进行了诸多改革，但未能从根本上解决明朝官僚体制、土地兼并等深层次问题，为明朝后期的发展埋下了隐患。民间
- 阶层矛盾缓解有限：禁止土地兼并等措施在一定程度上缓解了社会矛盾，但未能从根本上改变封建土地所有制，土地兼并现象在后期仍时有发生，农民与地主阶级的矛盾依然存在，社会阶层固化问题未得到有效解决。
- 思想禁锢问题：朱佑樘重视文化教育，但明朝的教育体系仍以儒家经典和科举考试为核心，思想禁锢较为严重，不利于思想文化的多元化发展和创新。
