这件事让马皇后知道了。马皇后劝明太祖说：“老百姓家为孩子请个老师，尚且恭恭敬敬，好来好去，何况是皇帝家的老师呢。再说，宋先生一向住在乡下，他孙子的事他怎么会知道？”
明太祖正在火头上，不肯饶恕宋濂。当天，马皇后陪明太祖吃饭。她呆呆地坐在桌边，不沾酒，也不吃肉。明太祖感到奇怪，问她是不是身子不舒服。马皇后难过地说：“宋先生犯了死罪，我心里十分难受，在为宋先生祈福呢。”
马皇后是跟太祖年青时候共过患难的夫妻，明太祖平时对她比较尊重，听她这一说，也有点感动，才下令赦免宋濂死罪，改罚充军茂州（今四川茂县）七十多岁的宋濂，禁不起这场惊怕，再加上路上劳累，没到茂州就死了。
过了十年，又有人告发李善长和胡维庸往来密切，明知胡维庸谋反不检举揭发，采取观望态度，犯了大逆不道的罪。李善长是第一号开国功臣，又是明太祖的亲家。明太祖大封功臣的时候，曾经赐给李善长两道免死铁券。这一年，李善长已经七十七岁了，可是明太祖一翻脸，把李善长和他的全家七十几口全部处死。
接着，又一次追查胡党，处死了一万五千多人。
自从胡维庸案件发生以后，明太祖觉得把军政大权交给大臣不放心，就取消了丞相职位，由皇帝直接管辖吏部、户部、礼部、兵部、刑部、工部六个部的尚书（官名，部的长官）；又把掌握军权的大都督府废了，改设左、右、中、前、后五个都督府，分别训练兵士，需要打仗的时候，由皇帝直接发布命令。这样一来，明朝皇帝的权力就大大集中了。
事情并没到这里结束。过了三年，锦衣卫又告发大将蓝玉谋反。明太祖杀了蓝玉，追查同谋，又有文武官员一万五千多人受株连被杀。
这两件大案，几乎把朝廷一些功臣一扫而空，明太祖的专制和残暴在历史上也就出了名。
燕王进南京
明太祖一面杀了一些权位很高的大臣，一面把他的二十四个儿子分封到各地为王。其中一部分藩王还拥有军队。明太祖认为这样做，可以巩固他建立的明王朝的统治，哪料到后来反引起了一场大乱。
明太祖六十多岁的时候，太子朱标死了，朱标的儿子朱允炆（音wén）以长孙的地位，被立为皇太孙。各地的藩王大都是朱允炆的叔父，眼看皇位的继承权落到侄儿手里，心里不舒服。特别是明太祖的第四个儿子——燕王朱棣（音dì）一向带兵驻守北平（今北京市），多次立过战功，对朱允炆更不服气。
朱棣在明太祖的儿子中是比较精明能干的。据说有一次，明太祖叫朱允炆对对子，出的上联是“风吹马尾千条线”，朱允炆对的下联是“雨打羊毛一片膻（音shān）。”明太祖嫌他对的不好，马上沉下了脸。朱棣正好在旁边，就接嘴说：“孩儿倒也想了一个下联。”明太祖叫他说来听听。朱棣说：“日照龙鳞万点金。”原来龙是皇帝的象征。朱棣的对语，无非是想讨明太祖的欢心。明太祖听了，连声夸奖朱棣对得好。朱棣也就更不把朱允炆放在眼里了。
朱允炆虽然老实，对朱棣瞧不起他，毕竟还看得出来。皇太孙的东宫里，有个官员叫黄子澄，是朱允炆的伴读老师。有一次，朱允炆一个人坐在东角门口，皱起眉头长叹气。黄子澄见他心事重重，问太孙为什么发愁。朱允炆说：“现在几个叔父手里都有兵权，将来怎么管得了他们。”
黄子澄跟朱允炆讲了一个西汉平定七国之乱的故事，接着说：“当时吴楚七国诸侯这样强大，但是到他们发动叛乱，汉景帝一出兵，他们就垮了。殿下是皇上嫡孙，将来也不怕他们造反。”朱允炆听了，心总算放宽了一点。
公元1398年，明太祖死去，皇太孙朱允炆即位，这就是明惠帝，历史上又叫建文帝（建文是年号）。当时京城里就听到谣传，说几位藩王正在互相串联，准备谋反。建文帝听了这消息害怕起来，把黄子澄找来说：“先生可记得那次在东角门说的话吗？”
黄子澄说：“陛下放心，我怎么会忘记呢！”
黄子澄退出宫门，就找建文帝另一个亲信大臣齐泰一起商量。齐泰认为诸王之中，燕王兵力最强，野心又大，应该首先削除燕王的权力。黄子澄不赞成这个做法，他认为燕王早有准备，先从他下手，容易打草惊蛇，不如先向燕王周围的藩王下手。周王朱棣（音xiāo）是燕王的弟弟，他的封地在开封。如果先把周王除掉，就好比砍掉燕王的翅膀，下一步再除掉燕王就不难了。两人商量停当，就向建文帝回奏。建文帝听了很
