正在这“红旗跃过汀江”的时候，毛泽东又经历了一番政治危机：毛泽东失去了他最为重要的职务——红四军前敌委员会书记！那时，按照“党指挥枪”的原则，前敌委员会书记是红四军的最高领导。毛泽东失去了这一职务，意味着他失去了对红四军的领导权！那是一九二九年六月二十二日，中共红四军第七次代表大会在福建龙岩召开， 有人指责毛泽东搞“家长制”，要求更换前敌委员会书记的人选打从中共中央“二月来信”在红四军中传达之后，便有人利用“二月来信”要求朱、毛离开红四军，希望毛泽东交出军权。
五月，刚从苏联回来的刘安恭，出任红四军临时军委书记兼政治部主任。他对情况很不熟悉，军内不服，引起党与军队之间的关系紧张。这样，红四军内出现反对中共领导军队的倾向，反对前委集中领导军队的倾向。六月八日在闽西长汀白沙召开的前委扩大会议上，决定取消临时军委。这样，反对毛泽东的呼声，越发高涨。
于是，在红四军内部，对于红军的领导方法和建军原则，产生了严重的分歧。就连朱德和毛泽东，对这些问题的看法也并不一致。争论的焦点是究竟在红军中实行“由上而下的家长制”，还是“由下而上的民主制”。毛泽东的领导，被认为是“家长制”。激烈的争论导致了匆忙召开中共红四军“七大”。由于朱德是争论的一方，会议由陈毅主持。匆忙的会议导致了草率的结果：在重新选举前敌委员会书记时，毛泽东落选了！谁被选为前敌委员会的新书记呢？陈毅！于是，毛泽东被调离部队，带领谭震林、蔡协民、江华、曾志等到中共闽西特委指导地方工作，住在上杭县蛟洋。对于毛泽东来说，他被迫离开由他一手创建的红四军，比上一回被“开除党籍”更为严峻——因为他被“开除党籍”之后，毕竟还担任师长。
祸不单行。福建山区的疟蚊，也猛烈地攻击了毛泽东，使他患上恶性疟疾。在缺医少药的那个年月，毛泽东一病数月，甚至一度病危，徘徊在死亡线上！他一会儿如同步行在酷热的撒哈拉沙漠，一会儿又如同跌进北极的冰天雪地。
他急需治疗疟疾的特效药奎宁。在闽西山区，弄不到这种药，于是派了两个地下交通员到上海为毛泽东买药。在归途中，其中一个地下交通员被捕，掉了脑袋。另一个地下交通员经历千辛万苦，总算把白色的奎宁丸送到毛泽东手中——这时，毛泽东已被疟疾折腾得死去活来！落选和患病，这双重打击把毛泽东推向政治生涯的低谷。这消息辗转传到莫斯科，居然误传为毛泽东病死！一九三○年三月二十日共产国际公报《国际新闻通讯》（英文版），误登讣告，说毛泽东在福建死于肺病，指出：“毛泽东同志是被称之为朱毛红军的政治领袖。”“中国的工农群众将永远铭记他的业绩，并将完成他未竟的事业。”好在毛泽东是一个豁达的人，能够承受这双重的压力。后来，在中共“八大”预备会议第二次全体会议上，他这么谈及：
我想同志们中间可能也有多多少少受过冤枉受过委屈的。对于那些冤枉和委屈，对于那些不适当的处罚和错误的处置（如把自己打成什么“机会主义”，撤销自己的职务，调离自己的职务等等），可以有两种态度。一种态度是从此消极，很气愤，不满意；另一种态度是把它看作一种有益的教育，当作一种锻炼。你晓得，这个世界就是这么个世界，要那么完全公道是不可能的，现在不可能，永远不可能《党的文献》，一九九一年第三期。
第三部分：驰骋赣南李立三 周恩来 陈毅在沪起草“九月来信”
今日的读者，惯常以为毛泽东是周恩来的“上司”。然而，在当年，周恩来却是毛泽东的“上司”。“二月来信”便是周恩来代表中共中央向毛泽东发出的指示。那时的毛泽东，还只是一个“中层干部”或“地方干部”，周恩来则是“中央首长”。当时周恩来的职务是中共中央政治局常委兼中共中央军委书记。这“中共中央军委书记”，即今日“中共中央军委主席”，是中共党内最高军事首长。中共是在一九二四年第一次国共合作时开始重视军事工作的。中共广东区委在一九二四年首先设立了军事部（亦称军事委员会），最初由张伯简负责。十一月，便由周恩来任部长，足见周恩来在这一方面资历之深。
一九二六年二月，中共中央设立“中央军事部”，由张国焘任部长。九月，便由周恩来接替张国焘，出任中共中央军事部部长。一九二八年，在中共“六大”，由杨殷担任新的中央军事部部长。杨殷是孙中山的同乡，于一九一一年加入了同盟会，一九一七年任孙中山卫队副官兼大元
