血脉，引发宫廷动荡。
明神宗得知此事后，勃然大怒，立即下令东厂、锦衣卫以及五城巡捕衙门全力搜捕造书之人，誓要查出幕后主使，揭开这起“妖书案”的真相。一时间，京城之中风声鹤唳，人人自危，第二次“妖书案”的阴影笼罩在皇宫与百姓的心头。
《续忧危竑议》的妖风刮得京城人心惶惶，文中竟然指名道姓地指责内阁大学士朱赓和首辅沈一贯是郑贵妃的爪牙，意图助她废太子。这二人犹如被雷击中，脸色瞬间惨白。他们急忙上疏为自己辩解，同时为了避免被卷入更深的漩涡，不得不暂时辞去官职，带罪在家。
沈一贯虽然暂时失势，但他老谋深算，不甘心就这样被妖书所困。于是，他暗中指使给事中钱梦皋上疏，诬陷礼部右侍郎郭正域和内阁大学士沈鲤与这起“妖书案”有着千丝万缕的联系。
沈鲤之所以成为沈一贯的目标，一方面是因为他与沈一贯素来不和，两人之间的争斗早已是朝野皆知；另一方面，当时内阁中，首辅沈一贯和次辅朱赓都被妖书点名，而沈鲤却榜上无名，独自主持内阁工作。这自然引起了人们的怀疑，认为他可能与妖书案有关。
至于郭正域，他之所以被牵连其中，一是因为之前与沈一贯在楚太子狱一事上结下了深仇大恨；二是因为同知胡化上书告发训导阮明卿“造作妖书”，而阮明卿正是钱梦皋的女婿。钱梦皋为了替女婿脱罪，急需找个替罪羊。而郭正域作为沈鲤的门生，又是胡化的同乡，加上当时已被罢官，即将离开京师，自然成了他们眼中最佳的“发泄私愤”的对象。
就这样，沈一贯和钱梦皋的阴谋得逞，沈鲤和郭正域被无辜牵连，一场由妖书案引发的大狱即将拉开序幕。京城之中，暗流涌动，一场关于权力与复仇的较量正在悄然上演。
正当郭正域预备逃离京城之时，却不料落入了法网。巡城御史康丕扬在对沈鲤府邸的严密搜查行动中，意外牵扯出了三位重要人物：名震佛界的高僧达观法师（也就是声名卓着的紫柏大师）、医术高超的沈令誉大夫以及琴艺出众的钟澄琴师。康丕扬在奏折中揭示，“妖书案”与“楚太子案”两者实为同一源头。达观大师因积极呼吁朝廷停征矿税，穿梭于京城各个阶层，触动了当权者的利益，故而在此关头被有意无意地卷入旋涡。达观法师与沈令誉大夫遭受了极其严苛的刑讯逼供，尤其是达观大师在遭受酷刑后，虽被强加罪名，却保持了高尚的节操，最终忍辱负重，沐浴更衣，端坐在禅榻之上安然圆寂；而沈令誉大夫也同样承受了非人的折磨。
此时，东厂、锦衣卫与三法司（刑部、都察院、大理寺）共同组成的联合审判庭展开了对沈令誉的会审。为迫使沈令誉认罪，背后进行了精心策划的布局。令人瞠目的是，甚至连沈令誉家中年仅十岁的奶妈之女也被带到公堂作证。东厂提督陈矩，即先前曾携吕坤编撰的《闺范图说》入宫的那位关键人物，亲自向小女孩提问：“你可见到制作‘妖书’的雕版有多少块？”女孩天真无邪地答道：“好多好多，都堆满了房间。”陈矩听罢不禁哑然失笑，毕竟，《续忧危竑议》不过寥寥数百字，最多也就两页纸，怎么可能需要堆满一屋的雕版？如此明显的矛盾让沈令誉的冤屈暴露无遗，从而也让针对郭正域和沈鲤的栽赃陷害显得越发荒谬无力。
此时此刻，京城内风声鹤唳，各方人士争相涌现，纷纷指控他人涉入“妖书案”。锦衣卫指挥使王之祯等四人率先举报同僚周嘉庆与此案有关联，但很快查明此乃凭空构陷。案情愈发扑朔迷离，形势日益严峻。当事人胡化在巨大压力下坦白，承认自己恶意诬告阮明卿是妖书的始作俑者。历史记载，在那几天里，拘捕与审讯接连不断，整个京城弥漫着恐惧的气息，人人自危。
在沈一贯的暗中授意下，负责审讯的官员试图诱导胡化改口，指认郭正域才是妖书案背后的主谋。然而，胡化坚决否认，直言道：“阮明卿是我私人恩怨的对象，所以我才举报他。至于郭正域，他中进士后二十多年，我们从未有过交集，怎可能一同炮制妖书呢？”
郭正域曾在太子朱常洛身边担任讲官，教书育人。太子闻听此事，私下对身边亲近的人感慨万千：“为什么要陷害我这么优秀的讲官？”这句话内涵丰富，令听闻者无不感到震慑。为了保护老师，朱常洛特派使者秘密传达口信给东厂提督陈矩，请他宽宥郭正域。陈矩身为老练的权谋者，深知太子虽处境尴尬，但仍非轻易招惹的对象。况且，没有任何实质性证据能证明郭正域与妖书案有所牵连，显然这是一桩天大的冤案。得益于陈矩的巧妙运作与保护，郭正
