。然而，杨乃武身为新晋的举人，按清朝律例本不应遭受刑讯。刘锡彤为达目的，狡猾地上奏杭州知府陈鲁，请求剥夺杨乃武的举人资格，以便合法对其用刑。按规定，此事还需层层上报，由陈鲁转报浙江巡抚杨昌濬，再由杨昌濬递交给清廷御批。然而，在同治皇帝的批复还未下达之前，急不可耐的刘锡彤已迫不及待地对杨乃武实施了严刑拷问。
面对这凭空捏造的罪名，纵然经历多次审讯，杨乃武始终坚贞不屈，矢口否认。刘锡彤见状无计可施，只得再度提审已然心有余悸的小白菜。面对恐怖的刑具，小白菜颤栗不止，不敢改变先前的供述。刘锡彤便据此认为案件已经“水落石出”，并洋洋得意地将所谓的验尸记录与审讯详情上报给了上级陈鲁。
恰在此时，同治皇帝的御批终于下达，命令将杨乃武、小白菜二人解送杭州府进行二次审理，以求真相大白。
杭州府知府陈鲁，一向鄙夷读书人，主观臆断杨乃武是个喜欢挑事、专司诉讼的不安分子。因此，当杨乃武甫一抵达杭州府，旋即遭遇了一系列骇人听闻的酷刑：先是痛苦不堪的跪钉板、炙热灼人的跪火砖，再到令人骨裂筋伤的上夹棍、吊天平架，残酷手段无所不用其极。
在一轮又一轮的刑讯逼供下，杨乃武终究肉体凡胎，无力抵挡，被迫承认了与小白菜通奸，并用砒霜毒杀了葛品连。至于至关重要的砒霜来源，杨乃武被逼无奈，只得编织了一个谎言，说是从仓前镇“爱仁堂”药铺店主钱宝生那里，借口灭鼠而购得。
陈鲁闻得这般“口供”，大感满意，认为此案已了结，迅速做出裁决，判处杨乃武死刑立即执行，小白菜则被判凌迟处死。随后，他将该案结果上报给了浙江臬司蒯贺荪。
浙江臬司蒯贺荪接手此案后，内心产生了疑窦。同样是举人出身的他难以接受，一个刚刚步入仕途的新科举人，会为了一个女人而甘愿放弃大好前程，甚至不惜以身犯险。毕竟，对于杨乃武而言，中举就意味着未来充满无限可能。
为此，蒯贺荪决定亲自复审杨乃武和小白菜。然而，他所不知的是，这对饱受摧残的男女，早已在严刑之下耗尽了所有的抵抗意志。面对蒯贺荪的审讯，回忆起过往的种种黑暗遭遇，他们已经万念俱灰，只求速死，不愿再忍受更多的皮肉煎熬以换取翻案的机会。因此，蒯贺荪得到的依然是之前的“供词”，丝毫未能动摇原先的判决。
蒯贺荪为进一步核实案情，特意召见了余杭知县刘锡彤和杭州知府陈鲁，询问他们在审讯过程中的具体情况，是否有违法操作或冤枉无辜。然而，急于结案的两人，怎么可能承认曾滥用酷刑迫使无辜者认罪？他们一致保证，此案铁板钉钉，不存在任何冤情。
蒯臬司面对如此局面，只能摇头惋惜，感叹这位年轻的新科举人真是误入歧途。无奈之下，他只能按照司法程序，将案卷递交给浙江巡抚杨昌溶审核。
鉴于杨乃武曾经的身份，杨昌溶不敢轻忽，特派候补知县郑锡滓乔装打扮，秘密前往余杭暗中查访。然而，意想不到的是，郑锡滓不仅没有深入调查，反而一头扎进刘锡彤家享受美食美酒，收受了刘锡彤的贿赂，对杨乃武供述的药铺“爱仁堂”及其伙计“钱宝生”（实为钱坦）的真实情况置若罔闻。事实上，这名“钱宝生”是当地乡绅陈竹山找来的替罪羊，他受到恐吓后不得不违心承认卖给杨乃武砒霜。
酒足饭饱的郑锡滓返回杭州后，竟拍着胸脯担保此案确系“公正无私”，毫无冤情可言。杨昌溶见状，基于现有“证据”及郑锡滓的调查报告，认为此案证据充分，遂迈出最后一步，将此案正式上报朝廷，等待刑部的回文核准执行杨乃武和小白菜的死刑。
眼看杨乃武和小白菜的命运即将走向绝望的终点，几乎所有人都认为翻案希望渺茫。
故事并未就此落幕，一场惊天逆转正在悄然酝酿，等待着揭开真相的那一刻。
就在各级官员翘首期盼刑部的审批回复期间，身处囹圄、心如死灰的杨乃武，在胞姐杨菊贞竭力恳求与激励下，强忍绝望，颤抖着手写下了那份泣血的申诉状。这份状纸承载着他沉冤待雪的最后希望，由他新婚妻子詹彩凤——即杨詹氏的妹妹，怀抱坚定信念，奔波于杭州各大衙门之间，试图洗刷冤情。
一路申诉却处处碰壁，徒劳无功。面对一次次挫败，杨菊贞并未妥协，她深知弟弟的清白唯有通过最高途径才能昭雪，于是毅然决定亲自携带申诉状北上京城，直接向皇帝告御状。
初次上京之路充满艰辛，杨菊贞四处碰壁，财力几乎耗尽，孤立无援
