嘉庆皇帝得知此事后震怒不已，下令查抄王伸汉的家产，以弥补他贪污所造成的巨大亏空。然而，王伸汉的家产远远不足以填补这一巨大缺口，于是嘉庆皇帝决定，由铁保、汪日章、杨頀、胡克家四人共同承担这一“摊赔”的责任。
在清朝，官员们对于因自己失误造成的财政亏空，需要自行筹措资金进行弥补，这被称为“赔补”。而对于那些无法确认具体亏空数额的情况，则由相关官员共同分摊赔补，这便是“摊赔”。王伸汉一案，便是这一制度的生动体现。
随着调查的深入，下一个被查办的官员浮出了水面——淮扬道道台叶观潮。叶观潮对山阳县虚报户口、侵吞赈银、杀人灭口等恶劣行径一无所知，作为辖区内的最高长官，他对这些重大事件失察难辞其咎。然而，由于清朝的“道”这一行政区划相对较为模糊，嘉庆皇帝对叶观潮的处分并未过于严厉，只是给予了他革职留任的处分。
而淮安知府王毂的罪行则更为严重。他之前便收受了王伸汉的贿赂，李毓昌被害后，他更是变本加厉，收受王伸汉贿银两千两。对于王伸汉的一系列罪行，他置若罔闻，甚至暗中包庇。刑部最初依照“盗仓库钱粮一千两以上”的律例，拟判王毂“斩监候”，即斩首之刑，但暂缓执行。这一判决无疑给整个官场敲响了警钟，让那些心怀不轨的官员们为之一震。
嘉庆皇帝收到刑部对王毂的判决后，眉头紧锁，显然对这个结果极为不满。在清朝，死缓的判决并非立即执行，而是需要经过一个名为“秋审”的环节。这一环节如同一个悬而未决的审判，决定着犯人究竟是归入“情实”立即执行死刑，还是归入其他情况，继续羁押或是获得释放。
嘉庆皇帝深知，这样的死缓判决，大多数情况下，犯人都能逃过一劫。他对于王毂的罪行深感愤怒，认为这样的判决过于宽容，于是他在批复中写道：“何必再拖延时日，着改为‘绞立决’，即派刑部侍郎秦瀛监视行刑。”他决心不再等待秋审，直接让王毂为自己的罪行付出生命的代价。
李毓昌案的源头，是一场关于赈灾的审查。当时，苏北地区遭受了严重的水灾，朝廷特地委派了同知林永升、候补知县李毓昌等十一人前往查赈。其中，林永生担任总查，负责统筹全局。然而，这支查赈队伍中，却隐藏着不少贪婪与腐败。
除了李毓昌外，其他十名官员中，总查林永升竟然受贿一千两白银。按照清朝的律法，这样的罪行足以被判以革职，杖一百，流放四千里。然而，嘉庆皇帝觉得这样的处罚还是太轻了，于是下令改为革职，杖一百，发往乌鲁木齐效力赎罪。
其他官员也各有受贿行为。典史吕时雨受贿九百两，从九品温南峰受贿七百五十两，他们按律被判以革职，杖一百，流放三千五百里。训导言廷璜、县丞张为栋各受贿三百两，府知事余清扬受贿二百两，他们被判以革职，杖一百，流放两千里。这些官员的家产也被抄没，以示惩罚。
值得欣慰的是，教谕章家璘在这次查赈过程中洁身自好，没有接受任何贿赂。他在查赈中认真办事，赢得了嘉庆皇帝的赞赏。当嘉庆皇帝得知章家璘的表现后，总算是得到了一点安慰。他认为章家璘的“吏风堪为可嘉”，于是提拔他为即用知县，以表彰他的清廉与正直。
在这起错综复杂的案件中，王伸汉的得力助手包祥成为了关键的罪魁之一。他胆大妄为，竟然陷害了无辜的李毓昌，更是以下犯上，犯下了滔天大罪。根据“谋杀加功”的律例，包祥被判处先接受残酷的夹刑，再遭受斩首之刑，以示严惩。
而李毓昌身边的长随李祥、顾祥、马连升，他们竟然背叛主子，犯下如此恶劣的罪行。按照律法，“雇工人谋杀家长、照子孙谋杀祖父母者，皆凌迟处死”。顾祥和马连升被重责四十大板后，再遭受凌迟之刑，处以极刑。
而李祥，作为这次谋害主子的元凶，其罪行更是令人发指。嘉庆皇帝震怒之下，命令刑部派出一名司官，亲自将李祥押解至山东即墨，在李毓昌的墓前对他施加夹刑，然后再进行凌迟，取其心脏祭奠李毓昌的在天之灵。
此外，仵作李标在王毂的威逼利诱下，故意歪曲事实，做出不实的检验报告，因此被判以杖一百，流放三千里。即使李标当时已经年过七十，也无法用钱来赎罪。而在案件查办过程中，还发现了林永升的家人薛元收受王伸汉贿银一百两的证据，他被判处杖六十，徒刑一年，以示惩戒。
至于此案的主犯王伸汉，他的罪行更是罄竹难书。嘉庆皇帝愤怒地指出，王伸汉不仅贪污了两万多两救灾款，还残忍地谋
