解至京城，由刑部亲自审讯。嘉庆帝对江苏本土官员深感失望，认为他们难以彻底查明李毓昌案，决定亲自过问此案。
铁保领命，别无选择，只得着手行动，首先拘捕了淮安知府王毂、山阳县知县王伸汉及其贴身随从包祥、张祥、余升，以及王家的厨子钱升。同时，他也全力查找李毓昌的三个随从李祥、顾祥和马连升。
李祥、顾祥二人因为在江苏南部，很快便被找到并押回；然而马连升却不知所踪，未能及时捕获。在将这些嫌疑人送往京城受审之前，铁保亲自对每一个被捕者展开了深入详尽的讯问。
在铁保的严密审讯下，李祥等人透露了李毓昌衣物上血迹的来源，声称那是他在上吊时口鼻出血所致。对于李毓昌自杀的原因，他们提及了在核查灾情期间，李毓昌曾受山阳县西陈庄一位名叫陈监生的邀请，参加了其家中的宴饮。
酒席间，陈监生企图骗取几十张赈票——那是受灾民众获取朝廷赈济物资的凭证。事后，李毓昌对此事深感懊悔，终日坐卧不安。铁保闻此，立即下令彻查这位陈监生，旋即查明其名为陈懋。陈懋坦白，他确实反复邀请李毓昌赴宴，并虚构了十二户受灾人家，请求李毓昌开具赈票，但李毓昌并未应允。
铁保将所有涉案人员全部羁押，送往北京接受刑部的严厉审讯，并向嘉庆皇帝呈上一份奏折，详述了他所调查的情况。铁保倾向于认为李毓昌自杀的可能性极大，尤其在奏折中着重描绘了李毓昌赴陈家饮酒一事，暗示李毓昌之死背后或许另有隐情。铁保心底其实期待此案能维持自缢身亡的结论，以免再生枝节。
嘉庆皇帝并未满足于此，他下令将所有涉案人等速速押至北京，由刑部亲自审讯。在此期间，一个意想不到的巧合出现了，一直在北京跟随某官员担任随从的马连升，得知此案已升级至朝廷层面，无奈之下只得主动前往刑部投案自首。
正是这个马连升，在刑部办案人员的高压审讯下，率先崩溃，吐露了案发当日的实情。随后，李毓昌生前的随从李祥、王伸汉的随从包祥等人，也在严刑拷问下，陆续承认了他们所知道的那一天的真相。
在许多人眼中，查赈不过是官场里一道走过场的程序，是一场表面文章的表演。不少官员视此为肥差，他们在确保赈灾款项落入私囊的同时，又能在官方报告上粉饰太平，捞取政绩。至于那些前来查赈的官员，不仅能拿到额外补贴，还有机会接受地方官员的“意思意思”，大家都乐得一团和气，敷衍了事。
刚步入仕途的李毓昌对此一无所知，他带着满腹诗书与理想的热忱，对待查赈任务如同手捧圣旨。与其他几位查赈同僚抵达淮安府山阳县后，当地父母官王伸汉殷勤款待，设下豪华宴席，安排他们在官衙下榻。
李毓昌厌恶官衙里的繁冗礼节和闲杂事务，觉得它们妨碍了他的查赈效率。于是，他毅然选择搬进了宁静简朴的善缘庵，一头扎进工作的海洋。他脚踏实地，挽起袖子深入田间地头，走遍四乡八寨，逐一核实受灾状况，挨家挨户统计户籍人口，严谨核查每一两赈灾银两的发放详情。
每走进一个村落，李毓昌都会亲手编制详细的户口档案，标注老少人口数量，实地勘查灾情轻重，并特别关注是否存在赈济遗漏或冒领现象。期间，尽管王伸汉屡次盛情邀约他参加宴会，并暗送贵重礼品试图拉拢，但李毓昌坚决拒绝了这些诱惑。
李毓昌的辛勤努力很快就揭开了一场黑暗的贪腐阴谋，他发现王伸汉利用灾情作幌子，虚增灾情规模，伪造户籍数据，大肆侵吞救灾款项。初步估算，王伸汉贪污的数额高达数万两白银，这是赤裸裸地从饥寒交迫的灾民口中夺食。
面对如此触目惊心的事实，李毓昌怒不可遏，他如履薄冰般收集证据，一丝不苟地记录下每一个细节和数据，计划向上级部门揭示这一惊人黑幕。
跟随在李毓昌身边做事的长随李祥、顾祥和马连升，看着自家主人不分昼夜地投入到查赈工作中，心里不由得七上八下。他们担忧的并不是李毓昌劳累过度，而是怕他过于耿直的行为会触动某些人的利益，从而带来无妄之灾，殃及池鱼。
身为长随，他们之所以心甘情愿地依附于官员，看中的可不是雇佣合同上那点微薄的工钱，而是寄望于主子手中的权力所能带来的丰厚灰色收入。在当时的官场上，这种“潜规则”有个专属名词——“陋规”。
例如，负责征税的长随，本应收取一两银子的税款，实际却加倍征收，从中渔利；处理诉讼纠纷的长随，左右逢源，两边通吃，对诉讼双方进行敲诈勒索
