杜曾极难对付，且杜弢放弃长沙北上之后，长沙人王机趁机作乱，攻陷郡城，几欲据长沙称王。幸陶侃返旆夏口，偕刘弘麾下荆州水师直上巴陵，与杜弢所率舟师会战于浃口。杜弢大败，遂以之前久围荆州城江陵而不下，至此放弃江北，先是退守巴陵，又进一步南归，再次攻陷了长沙城，遂以荆州江南第一大郡长沙郡城临湘为根据，伺机进取武陵、安成、衡阳、湘东、桂阳、邵陵、零陵、始安诸郡，而长沙邻郡安成、衡阳、湘东三郡，又复为流民军所夺。
杜弢虽被压缩回江南，但梁益二州流民军声势仍不弱，且长沙一带，本其发迹之地，杜弢本是秀才，知书达礼，与张昌、石冰不同，在长沙甚有声望，当地呼为杜王。刘弘大公无私，先与江荆二州都督王敦合计，言当以讨灭杜弢重任，全付陶侃一人，即当以荆州江南之巴陵、长沙、安成、衡阳、湘东、桂阳、零陵、武陵、邵陵、始安等十郡，另立为湘州，以陶侃为刺史，兼督湘州诸郡军事，委以全权，使其可调遣湘州诸郡兵，乃可平乱。
王敦以为妙计，遂与刘弘联名上书，请朝廷准立湘州，以陶侃为刺史，予以全权，使其调动诸郡兵讨灭杜弢。朝廷许之，陶侃遂率其本部，兵发巴陵以东之浃口，进向巴陵。巴陵杜弢守军甚弱，弃城而走，南下投奔在长沙的杜王而去。陶侃取了巴陵城，遂以巴陵暂为湘州治所。
杜弢在长沙一去一回，中间虽然赶跑了作乱的长沙本土人王机，使王机被迫率军南下岭南，却又给陶侃平定乱事增添了后患。杜弢所率梁益二州流民军到底是客军，虽也劫富济贫，打击豪强，但流民军到底给长沙和湘州诸郡带来了兵乱。自梁益二州流民军复入湘，与官军长期对峙，旷日持久，使新立之湘州永无宁日。湘州民心因此，便渐渐改变，转向了声誉极佳的首任刺史——浔阳土着溪人陶士行。
陶侃于巴陵传檄湘州境内，号召湘州诸郡遣郡兵，与其所统州兵合围长沙。诸郡太守以州新立，本欲各自为政，只求自保，但以陶侃深孚众望，恐民心向陶背己，乃纷纷起兵响应。终于陶侃率州兵于约定之日自巴陵开拔，诸郡此前已先后发动，湘州州郡兵遂合围了长沙城。长沙大族虞、刘、吴、欧阳诸家家主闻讯，秘密会议，遂联合家兵，攻败城西北角新开小门之杜弢守军，将陶侃大军迎入长沙城。后湘州城临湘此新开小门，以此役乃湘州建立之役，号为建湘门。
陶侃入城，杜弢仓促出城，不得已乃归向醴陵。部曲散尽，醴陵城其部将复不纳，杜弢走投无路，便遁入安成山中，不日被擒，押解建康，斩于都市。
元帝惜杜弢之才，本欲不杀而用之。杜弢不屈，大言道：“汝不过琅琊王，有建康一城而已！我在长沙，坐拥数郡之地，人人呼为杜王！岂可为汝牛睿小儿所用！”
原来元帝并非其父琅琊恭王与夏侯王妃所生，而是王府牛姓小吏与夏侯王妃所生，故知情者呼之为牛睿。昔日元帝曾祖父司马懿以谶言有“牛继马后”之语，适魏武取荆州时降将牛金，随之平辽东公孙氏有功，回朝必受封赏，牛金其时年甫四十，前途不可限量，司马懿遂以他故为借口枉杀之，永除后患。不想牛金幼子寄养外家，逃过了灭门之灾，后入琅琊王府，以貌美得宠于夏侯王妃，遂生牛睿，亦可谓报应不爽。
杜弢当面呼元帝为牛睿，元帝大怒，遂命将杜弢枭首，悬头朱雀大桁以示众。
长沙乱平，湘州已无设立必要，王敦已有篡位野心，不欲清正廉明的陶侃据有湘州在其上游，于是上书请裁撤湘州，诸郡仍归荆州。朝廷许之。
无论朝野，皆以为新任荆州刺史，必是陶侃。不想任命下达，却是以王敦族弟王邃为荆刺。原来元帝受到王敦压力，不得已而许之。朝野大失望，皆为陶侃不平，且猜疑王敦有不臣之心。
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陶侃立下大功，自不可能使之回任江夏太守。王敦为安抚陶侃，乃上表荐陶侃为广州刺史，言王机窜入岭南，一度攻陷广州城番禺，复西窜苍梧、郁林、合浦、交趾，交广二州皆受扰乱，惟陶士行可平，宜以陶为广刺，使平王机。
元帝许之。陶侃遂南下岭南为广刺，发兵讨王机，不日即平乱。陶侃不以失荆刺之位气馁，广州滨海而安定，州中无事，陶便每日晨搬二百砖块入官舍，暮复搬出。府吏不解这刺史陶使君何以如此，乃问究竟。陶侃道：“州中无事，我生来多力，莅州以来，已生二子！复有余力，不欲懈怠，乃搬砖耳！”一时传为美谈，时人皆以陶侃为老当益壮之典范。
元帝晚年，不堪大权旁落于琅琊王氏，乃重用刘隗，用其计，
