658年，清军三路进攻贵州，次年吴三桂攻入云南，永历帝逃往缅甸。
政治情况
- 权力争夺激烈：内部党派林立，文臣武将之间争权夺利，互相攻讦，严重削弱了政权的凝聚力和战斗力。
- 决策失误频繁：在战略决策上，未能制定出有效的抗清策略，且多次在关键时刻做出错误决策，如放弃广东等地，导致局势恶化。
军事方面
- 军队构成复杂：主要由明朝残余军队、大顺军余部、大西军余部等组成，成分复杂，指挥不统一。
- 将领矛盾重重：将领之间存在着严重的矛盾和利益冲突，如孙可望与李定国之间的矛盾，导致大西军内部分裂，抗清力量遭到极大削弱。
经济状况
- 财政收入匮乏：控制区域有限，且多为战乱地区，经济遭到严重破坏，财政收入难以保障，无法满足军队和政府的开支需求。
- 货币制度混乱：为解决财政问题，大量铸造钱币，如“永历通宝”等，但铸造工艺粗糙，质量参差不齐，导致货币贬值，市场混乱。
咒水之难：顺治十八年（1661年），缅甸国王莽白在清王朝的威逼利诱下，发动“咒水之难”，永历帝随行官员及士兵三百余人被杀，永历帝本人失去人身自由。
永历帝被俘：1661年十二月，缅甸国王将永历帝交于清军，吴三桂率清军入缅索获朱由榔，班师昆明。
永历帝被杀：1662年，吴三桂下令用弓弦勒死了永历帝及其子，南明永历政权彻底覆灭。
永历政权的结束标志着明朝在大陆上的最后抵抗失败，加速了清朝统一全国的进程。同时，使得大量南明遗臣和士人失去依靠，对当时的社会稳定与发展产生了影响。
此外，还有一些存在时间较短或影响力较小的政权，如潞王监国政权、靖江王监国政权、益阳王监国政权等。
